Meetod reaktsiooni prognoosimiseks patsiendi ravimisel HER dimeriseerumise inhibiitoriga

EE - EP1915460 B1 Meetod reaktsiooni prognoosimiseks patsiendi ravimisel HER dimeriseerumise inhibiitoriga TEHNIKAVALDKOND 5 10 Leiutis käsitleb meetodit reaktsiooni prognoosimiseks patsiendi ravimisel HER dimeriseerumise inhibiitoriga, meetod hõlmab järgmisi etappe: kasvaja kasvufaktori alfa markergeeni poolt kodeeritava markervalgu või kasvaja kasvufaktori alfa markergeeni poolt kodeeritava markervalgu ja markervalgu, mida kodeerivad epidermaalse kasvufaktori, kasvaja kasvufaktori alfa ja HER2 markergeeni rühmast valitud markergeenid, kombinatsiooni määramist patsiendilt võetud bioloogilises proovis, seejuures on bioloogiline proov vereseerum, ning patsiendi reaktsiooni prognoosimist ravimisel HER dimeriseerumise inhibiitoriga esimese etapi tulemuste alusel. Avalikustatud on ka täiendavad kasutusviisid ja meetodid. TEHNIKA TASE 15 20 25 30 Inimese epidermaalse kasvufaktori retseptori (ErbB või HER) perekond hõlmab nelja liiget (HER1 4), mis on kompleksse signaalkaskaadi aktiveerimisega raku kasvamise, elulemuse ja diferentseerumise olulisteks mediaatoriteks. Epidermaalse kasvufaktori (EGF) superperekonna vähemalt 11 erinevat geeniprodukti seonduvad nendest retseptoritest kolmega, EGFR (mida nimetatakse ka ErbB1 või HER1), HER3 (ErbB3) ja HER4 (ErbB4). Kuigi ei ole kindlaks tehtud ühtki ligandi, mis seondub ja aktiveerib HER2 (ErbB2 või neu), on valdavaks seisukohaks see, et HER2 on ko-retseptor, mis toimib koos teiste HER retseptoritega retseptor-ligand-signaali võimendamisel ja mõnedel juhtudel initsieerimisel. Nende aktiivsuse seisukohalt on oluline dimeriseerumine sama tüüpi retseptoriga (homodimeriseerumine) ja HER perekonna muu liikmega (heterodimeriseerumine). HER2 on HER perekonna teiste liikmete jaoks eelistatav dimeriseerumispartner. HER perekonna osa paljude epiteelsete tuumoritüüpide korral on hästi dokumenteeritud ja see on kaasa toonud uudsete HER retseptorite suhtes spetsiifiliste vähivastaste toimeainete ratsionaalse väljatöötamise. Rekombinantne humaniseeritud anti-her2 monoklonaalne antikeha (MAb)

2 EE - EP1915460 B1 trastusumab on standardselt kasutatav HER2-positiivse metastaatilise rinnavähiga (MBC) patsientide ravis. HER2 valgu/geeni üleekspresseerimine/amplifitseerimine, mis esineb 20 30%-l rinnavähi juhtudest, on eelduseks ravimisel trastusumabiga. 5 10 15 20 25 Pertusumab (Omnitarg TM, varem 2C4) on esimeseks uue toimeainete klassi esindajaks, mida tuntakse kui HER dimeriseerumise inhibiitoreid (HDIs). Pertusumab seondub HER2-ga selle dimeriseerumisdomeenis, seega inhibeerib selle võimet moodustada aktiivseid dimeerseid retseptorkomplekse ja blokeerib seetõttu sellist pärisuunalist signaalkaskaadi, mille lõpptulemuseks on rakkude kasv ja jagunemine. Pertusumab on täielikult humaniseeritud rekombinantne monoklonaalne antikeha, mis on suunatud HER2 ekstratsellulaarsele domeenile. Pertusumabi seondumine inimese epiteelirakkude HER2-ga hoiab ära HER2 ja HER perekonna muude liikmete (sealhulgas EGFR, HER3, HER4) vaheliste komplekside moodustumise ja tõenäoliselt ka HER2 homodimeriseerumise. Pertusumab hoiab kompleksi moodustumise blokeerimisega ära HER1, HER3 ja HER4 ligandide (näiteks EGF, TGFα, amfireguliin ja hereguliinid) poolt aktiveeritud kasvu stimuleeriva toime ja rakkude elulemussignaalid. Pertusumabi muud nimetused on 2C4 või Omnitarg TM. Pertusumab on täielikult humaniseeritud rekombinantne monoklonaalne antikeha, mis põhineb inimese IgG1(κ) karkassjärjestusel. Pertusumabi struktuur koosneb kahest raskest ahelast (449 jääki) ja kahest kergest ahelast (214 jääki). Trastusumabiga (Herceptin ) võrreldes on pertusumabil 12 aminohappelist erinevust kerges ahelas ja 29 aminohappelist erinevust IgG1 raskes ahelas. Derynck, R. jt avalikustasid E. coli s kasvaja kasvufaktori alfa prekursori struktuuri ja ekspresseerimise, mida nõristavad paljud inimesel esinevad tuumorid ja mis võib indutseerida mittetransformeerunud rakuliinide pöörduva transformatsiooni. Patendidokumentides WO 2004/092353 ja WO 2004/0911384 toodud uuringutes näidatakse, et Her2 heterodimeeride moodustumine muude retseptoritega peab olema seotud pertusumabi efektiivsuse või sobivusega. 30 Töös Zabrecky, J. R. jt, J. Biol. Chem. 266 (1991) 1716 1720 on avalikustatud, et Her2 ekstratsellulaarse domeeni vabanemine võib osaleda onkogeneesis ja selle tuvastamine võib olla kasulik vähktõve diagnostikas. Töös Colomer, R. jt, Clin.

3 EE - EP1915460 B1 Cancer Res. 6 (2000) 2356 2362 on avalikustatud Her2 ekstratsellulaarse domeeni tsirkulatsioon ja allumatus kemoteraapiale väljakujunenud rinnavähi korral. Her2 ekstratsellulaarse domeeni prognostilise ja ennustava väärtuse ülevaade on antud töös Hait, W. N., Clin. Cancer Res. 7 (2001) 2601 2604. 5 10 15 Patendidokumendis US 2004/106161 avalikustatakse anti-her2 antikehadega ravile alluvate tuumorite identifitseerimine, mis seisneb HER2/HER3 ja/või HER2/HER1 valgulise kompleksi manuluse või HER2 fosforüülimise kindlakstegemises tuumorirakkude proovis. HER2/HER1 ja/või HER2/HER3 heterodimeere ja/või HER2 fosforüülimist hõlmavate tuumorite all kannatavaid patsiente ravitakse anti-her2 antikehadega, nagu rhumab 2C4. Patendidokumendis WO 2005/047534 pakutakse välja koostised, meetodid ja nende kasutamine pahaloomulise neoplaasia ning eelkõige rinnavähi ennustamiseks, diagnoosimiseks, prognoosimiseks, vältimiseks ja raviks. Avalikustatakse geenid, mille ekspressioon rinnavähki haigestunud patsientide rinnakoes erineb sellest, mis esineb tervetel inimestel. Patendidokumendis WO 2004/091384 käsitletakse patsiendilt võetud proovides biomarkerite klassi, mis hõlmab raku membraani pindsete retseptorite ErbB dimeere. 20 Töös Panica, L. jt J. Cancer 65 (1996) 51 56 avalikustatakse kasvaja kasvufaktori alfa, amfireguliini ja cripto diferentsiaalne immunohistokeemiline määramine inimese normaalses ja maliigses rinnakoes. LEIUTISE KOKKUVÕTE 25 Endiselt on olemas HER dimeriseerumise inhibiitoriga ravitavate vähihaigete patsientide korral vajadus täiendavate meetodite järele haiguse progresseerumise määramiseks. Seetõttu pakutakse leiutise ühe teostusena välja meetod patsiendi reaktsiooni ennustamiseks ravimisel HER dimeriseerumise inhibiitoriga, mis hõlmab etappe: a) patsiendilt võetud bioloogilises proovis, seejuures on bioloogiline proov vereseerum, ekspressioonimäära määramine järgmiste valkude puhul

4 EE - EP1915460 B1 - kasvaja kasvufaktori alfa markergeeni poolt kodeeritav markervalk või - markergeenide poolt kodeeritavate markervalkude kombinatsioon. seejuures hõlmab markergeenide poolt kodeeritav markervalkude kombinatsioon markervalke, mida kodeerivad 5 - kasvaja kasvufaktori alfa ja HER2 markergeen, - kasvaja kasvufaktori alfa ja epidermaalse kasvufaktori markergeen, - amfireguliini ja kasvaja kasvufaktori alfa markergeen, - kasvaja kasvufaktori alfa, epidermaalse kasvufaktori ja HER2 markergeen, 10 - amfireguliini, epidermaalse kasvufaktori ja kasvaja kasvufaktori alfa markergeen, - amfireguliini, kasvaja kasvufaktori alfa ja HER2 markergeen, - epidermaalse kasvufaktori, kasvaja kasvufaktori alfa, ja HER2 markergeen, 15 - amfireguliini, epidermaalse kasvufaktori, kasvaja kasvufaktori alfa ja HER2 markergeen, ja b) HER dimeriseerumise inhibiitoriga ravi korral patsiendi reaktsiooni ennustamine etapi a) tulemuste hindamise alusel. 20 25 Leiutise järgmises teostuses kasutatakse kasvaja kasvufaktori alfa markervalguga spetsiifiliselt seonduvat antikeha patsiendi reaktsiooni hindamiseks ravi korral antikehaga 2C4. Leiutise ingliskeelses tekstis kasutatud artiklid a ja an vastavad ühele või enam kui ühele (see tähendab vähemalt ühele) artikli grammatilisele objektile. Näiteks element tähendab üht elementi või enam kui üht elementi.

5 10 15 20 25 30 5 EE - EP1915460 B1 Termin bioloogiline proov tähendab üldjuhul ükskõik millist bioloogilist proovi, mis on saadud isikult, kehavedelikust, rakuliinist, koekultuurist või muust allikast. Kehavedelikud on näiteks lümf, seerum, plasma, uriin, seemnevedelik, sünoviaalvedelik ja seljaajuvedelik. Imetajatelt koebiopsia ja kehavedelike proovide võtmise meetodid on tehnika tasemes hästi tuntud. Kui terminit proov kasutatakse eraldi, siis tähendab see ikkagi seda, et proov on bioloogiline proov, see tähendab, et neid termineid kasutatakse samas tähenduses. Terminid reaktsioon ravimisel HER dimeriseerumise inhibiitoriga või patsiendi reaktsioon ravimisel HER dimeriseerumise inhibiitoriga vastavad kliinilisele kasulikkusele, mida saab haiguse või seisundi (näiteks vähktõve) all kannatav ravimisest HER dimeriseerumise inhibiitoriga või sellise ravi tulemusel. Kliiniline kasulikkus hõlmab täielikku remissiooni, osalist remissiooni, haiguse stabiliseerumist (ilma progresseerumiseta), progresseerumiseta elulemust, haiguseta elulemust, (haiguse) progresseerumise algusele vastava aja pikenemist, surma saabumisele vastava aja pikenemist või patsiendi kogu eluea pikenemist ravi tulemusena HER dimeriseerumise inhibiitoriga. Need on kriteeriumid teraapiast tuleneva reaktsiooni määramiseks ja need kriteeriumid võimaldavad võrrelda tõhusust alternatiivsete ravimeetoditega (Slapak and Kufe, Principles of Cancer Therapy, in Harrison's Principles of Internal Medicine, 13 th edition, eds. Isselbacher jt, McGraw-Hill, Inc., 1994). Näiteks on kõigi tuvastatavate pahaloomuliste haigustunnuste kadumine vähktõve täielik reaktsioon või täielik remissioon. Vähktõve osaline reaktsioon või osaline remissioon võib olla näiteks ühe või mitme kahjustuskolde suurima ristsuunalise läbimõõdu ligikaudu 50-protsendiline vähenemine või ükskõik millise kahjustuskolde suurenemise või uute kahjustuskollete ilmnemise puudumine. Termin vähktõve progresseerumine hõlmab ja võib siin kasutatuna vastata metastaseerumise, vähkkasvaja rekurrentsi või ühe kahjustuskolde suurima ristsuunalise läbimõõdu ligikaudu vähemalt 25-rotsendilist suurenemist või uute kahjustuskollete ilmnemist. Vähktõve, eelistatavalt rinnavähi progresseerumine on inhibeeritud siis, kui vähktõve rekurrents või metastaseerumine on vähenenud, aeglustunud, hilistunud või välditud. Termin progresseerumise algusele / surmale vastav ajavahemik (TTP) on

5 10 15 20 25 30 6 EE - EP1915460 B1 sünonüümiks progresseerumiseta elulemusele (PFS). See kirjeldab onkoloogilistes katsetes sageli kasutatava kliinilist lõpp-punkti. Siin on iga katses osaleva patsiendi korral tegemist ajavahemiku kindlakstegemisega ravi algusest (mis on fikseeritud katseprotokollis) möödunud ajast kuni pahaloomulise vähkkasvaja progresseerumise (mis on fikseeritud katseprotokollis) tuvastamiseni või ükskõik millise fataalse ilmingu ilmnemiseni (olenemata sellest, kumb on esimene). Kui patsiendi jälgimise katkestati (näiteks uuringu lõpul) pärast ajavahemiku möödumist ja ühtki ilmingut ei täheldatud, siis sellele jälgimisele vastavat aega t nimetatakse "tsenseerituks. Termin ajavahemik kuni surmani (TTD) on sünonüümiks üldisele elulemusele (OS). See kirjeldab onkoloogilistes katsetes sageli kasutatava kliinilist lõpp-punkti. Siin on iga katses osaleva patsiendi korral tegemist ajavahemiku kindlakstegemisega ravi algusest (mis on fikseeritud katseprotokollis) möödunud ajast kuni ükskõik millise fataalse ilmingu ilmnemiseni. Kui patsiendi jälgimise katkestati (näiteks uuringu lõpul) pärast ajavahemiku t möödumist ja patsient oli siis veel elus, siis sellele jälgimisele vastavat aega t nimetatakse "tsenseerituks. Terminil ühismuutuja on järgmine tähendus. Regressioonimudelites kasutatakse sageli kliinilisi lõpp-punkte, seejuures kujutab lõpp-punkt sõltuvat muutujat ja biomarkerid kujutavad peamisi või sihtmärgiks olevaid sõltumatuid muutujaid (argumenttunnuseid). Kui kliiniliste andmete kogumist on vaatluse all täiendavad muutujad, siis nimetatakse neid (kliinilisteks) ühismuutujateks. Terminit kliiniline ühismuutuja kasutatakse siin patsiendi kohta käiva kogu sellise kliinilise teabe kirjeldamiseks, mis on tavaliselt algmomendil kättesaadav. Need kliinilised ühismuutujad hõlmavad demograafilist teavet, nagu sugu, vanus jms, muud anamneesi hulka kuuluvat teavet, samaaegseid haigusi, samaaegseid ravisid, füüsikaliste uuringute tulemusi, tavapäraste laboratoorsete analüüside parameetreid, sihttuumori tuntud omadusi, pahaloomulise haiguse ulatuse kohta käivat kvantitatiivset teavet, kliinilise toimivuse skoore, nagu ECOGi või Karnofsky indeks, haiguse kliinilist etappi, eelnevate ravimeetodite aega ja tulemusi ning haiguslugu, aga ka kogu analoogilist teavet, mida saab seostada kliinilise prognoosiga. Termin töötlemata või kohandamata analüüs vastab siin sellistele

7 EE - EP1915460 B1 regressioonanalüüsidele, kus regressioonimudelis ei ole lisaks kõnesolevatele biomarkeritele kasutatud muid kliinilisi ühismuutujaid ei sõltumatute tegurite ega stratifitseerivate ühismuutujatena. 5 10 15 20 25 30 Termin ühismuutujatega kohandatud vastab siin sellistele regressioonanalüüsidele, kus regressioonimudelis on lisaks kõnesolevatele biomarkeritele kasutatud muid kliinilisi ühismuutujaid kas sõltumatute tegurite või stratifitseerivate ühismuutujatena. Termin ühemõõtmeline vastab siin kasutatuna regressioonimudelitele või graafilistele esitusviisidele, kus mudeli osaks on sõltumatu muutujana üksnes üks sihtbiomarker. Neid ühemõõtmelisi mudeleid võib vaadelda koos täiendavate kliiniliste ühismuutujatega või ilma nendeta. Termin mitmemõõtmeline vastab siin kasutatuna regressioonimudelitele või graafilistele esitusviisidele, kus mudeli osaks on sõltumatute muutujatena enam kui üks sihtbiomarker. Neid ühemõõtmelisi mudeleid võib vaadelda koos täiendavate kliiniliste ühismuutujatega või ilma nendeta. Nukleotiidid on nukleosiidid, mis hõlmavad lisaks nukleosiidse sahhariidse osaga kovalentselt seotud fosfaatrühma. Selliste nukleosiidide korral, mis sisaldavad sahhariidse rühmana pentofuranosüülrühma, võib fosfaatrühm olla seotud sahhariidi kas 2 -, 3 - või 5 -asendis oleva hüdroksüülrühmaga. Nukleotiid on monomeerseks ühikuks oligonukleotiidis, mida siin nimetatakse üldisemalt oligomeerseks ühendiks, või polünukleotiidis, mida üldisemalt nimetatakse polümeerseks ühendiks. Teine üldine väljend selleks on desoksüribonukleiinhape (DNA) ja ribonukleiinhape (RNA). Siin kasutatuna on termin polünukleotiid sünonüümne nukleiinhappega. Termin sond vastab sünteetilisele või bioloogiliselt saadud nukleiinhapetele (DNA või RNA), mis oma ehituse või valiku alusel sisaldab spetsiifilisi nukleotiidjärjestusi, mis võimaldavad neil teatud eelnevalt määratletud kitsenduste korral spetsiifiliselt (see tähendab eelistatavalt) hübridiseeruda nukleiinhapeteks. Sondi võib identifitseerida kui püüdursondi, mis tähendab seda, et see püüab kinni nukleiinhapped viisil, et neid saab eraldada soovimatutest ainetest, mis

5 10 15 20 25 30 8 EE - EP1915460 B1 võivad nukleiinhapete tuvastamist segada. Kui eraldamine on toimunud, siis võib kinnipüütud sihtnukleiinhapet tuvastada sobiva protseduuri abil. Püüdursondid on sageli juba kinnitatud tahkele faasile. Leiutisekohaselt on terminil hübridiseerumine kitsendavates tingimustes sama tähendus mis raamatus Sambrook jt (Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press (1989), paragrahvid 1.101 1.104). Eelistatavalt vastab hübridiseerumine kitsendavates tingimustes juhule, kus hübridiseerumisele vastav signaal on tuvastatav pärast 1 h kestnud pesemist 1 x SSC ja 0,1% SDS-iga temperatuuril 50 ºC, eelistatavalt temperatuuril 55 ºC, eelistatavamalt temperatuuril 62 ºC ja kõige eelistatavamalt temperatuuril 68 ºC ning eelistatavamalt pärast 1 h kestnud pesemist 0,2 x SSC ja 0,1% SDS-iga temperatuuril 50 ºC, eelistatavalt temperatuuril 55 ºC, eelistatavamalt temperatuuril 62 ºC ja kõige eelistatavamalt temperatuuril 68 ºC. SSC-puhvri koostist on kirjeldatud raamatus Sambrook jt (Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press (1989)). Transkribeeritud polünukleotiid on polünukleotiid (näiteks RNA, cdna või RNA või cdna analoog), mis on komplementaarne või homoloogiline geeni, nagu leiutisekohase markergeeni, transkriptsiooni ja transkripti tavalise posttranskriptsioonilise protsessimise (näiteks splaissimise), kui see on nõutav, abil saadud küpse RNA kui terviku või selle osaga. Termin cdna on lühend komplementaarse DNA, mrna üheahelalise või kaheahelalise DNA koopia jaoks. Termin mrna on lühend RNA sellise mrna jaoks, mida kasutatakse valgu sünteesis matriitsina. Termin markergeen on mõeldud hõlmavana geeni, mis on leiutisekohaselt kasulik patsiendil, eelkõige rinnavähiga patsiendil vähktõve progresseerumise määramisel. Seda võib nimetada ka vähktõve, eelistatavalt rinnavähi markergeeniks. Termin markerpolünukleotiid on mõeldud hõlmavana nukleotiidi transkripti (hnrna või mrna), mida kodeerib leiutisekohane markergeen, või nukleotiidi transkriptist saadud cdna-d või selle transkripti või cdna segmenti. Termin markervalk või markerpolüpeptiid on mõeldud hõlmavana valku või polüpeptiidi, mida kodeerib leiutisekohane markergeen, või polüpeptiidi või valgufragmenti, mis sisaldub selles markervalgus.

9 EE - EP1915460 B1 Termin geeniprodukt on mõeldud hõlmavana markerpolünukleotiidi ja markervalku, mida kodeerib viidatud geen. 5 10 15 Markergeeni ekspressioon erineb tunduvalt võrdlusproovis oleva markergeeni ekspressioonimäärast siis, kui patsiendilt võetud proovis oleva markergeeni ekspressioonimäär on suurem võrdlussubjektilt võetud proovile vastavast määrast enam kui ekspressiooni hindamiseks kasutatud analüüsi standardvea võrra ja eelistatavalt on erinevus vähemalt 10% ning eelistatavamalt 25%, 50%, 75%, 100%, 125%, 150%, 175%, 200%, 300%, 400%, 500% või 1000%. Alternatiivselt võib markergeeni ekspressiooni patsiendil lugeda tunduvalt väiksemaks kontrollsubjektil esinevast ekspressioonimäärast siis, kui patsiendilt võetud proovis oleva markergeeni ekspressioonimäär on väiksem võrdlussubjektilt võetud proovile vastavast määrast enam kui ekspressiooni hindamiseks kasutatud analüüsi standardvea võrra ja eelistatavalt on erinevus vähemalt 10% ning eelistatavamalt 25%, 50%, 75%, 100%, 125%, 150%, 175%, 200%, 300%, 400%, 500% või 1000%. Markerpolünukleotiid või markervalk vastab teisele markerpolünukleotiidile või markervalgule siis, kui on sellele lähedane, eelkõige eelistatavalt on sellega identne. 20 25 30 Termineid ekspressiooni määr ja ekspressioonimäär kasutatakse samas tähenduses ning need vastavad tavaliselt proovis oleva polünukleotiidi või aminohappelise saaduse või valgu kogusele. Ekspressioon vastab tavaliselt protsessile, mille kaudu geenis kodeeritud informatsioon viiakse üle rakus sisalduvateks ja seal toimivateks struktuurideks, seetõttu hõlmab termin (marker)geeni ekspressioon leiutisekohaselt transkribeerimist polünukleotiidiks, translatsiooni valguks ja isegi valgu posttranslatsioonilist modifitseerimist. Transkribeeritud polünukleotiidi, transleeritud valgu või posttranslatsiooniliselt modifitseeritud valgu fragmente tuleb samuti vaadelda ekspresseeritutena siis, kui need pärinevad näiteks alternatiivse splaissinguga genereeritud transkriptist, lagundatud transkriptist või valgu posttranslatsioonilisest protsessimisest näiteks proteolüüsi teel. Ekspresseeritud geenid hõlmavad siin kasutatuna selliseid, mis on transkribeeritud mrna kujul olevaks polünukleotiidiks ja seejärel transleeritud valguks. See termin hõlmab ka ekspresseeritud geene, mis on transkribeeritud

5 10 15 20 25 30 10 EE - EP1915460 B1 RNA-ks, kuid ei ole transleeritud valguks (näiteks transport-rna ja ribosomaalne RNA). Terminid üleekspressioon ja alaekspressioon vastavad vastavalt ekspressioonimäära kõrvalekalletele kontrollkatses kasutatud proovi korral saadud ekspressioonimäära fooniväärtusest suurema või väiksema väärtuse suunas. Üleekspressioon on seega ka suurenenud ekspressioon ja alaekspressioon on vähenenud ekspressioon. Termin amfireguliin vastab valku kodeerivale geenile ja sellisele valgule endale, mis on epidermaalse kasvufaktori perekonna liikmeks. See on nii autokriinseks kasvufaktoriks kui ka mitogeeniks astrotsüütide, Schwanni rakkude ja fibroblastide jaoks. See on seotud epidermaalse kasvufaktori (EGF) ja kasvaja kasvufaktoriga alfa (TGF-alfa). See valk astub vastastiktoimesse EGF/TGF-alfa retseptoriga, et soodustada normaalsete epiteelirakkude kasvu ja inhibeerida teatavate agressiivsete kartsinoomirakuliinide kasvu. Leiutisekohaselt on amfireguliini aminohappeline järjestus selline, mis vastab SEQ ID nr 1 aminohappelisele järjestusele. Leiutisekohaselt on amfireguliini cdna nukleiinhappeline järjestus selline, mis vastab SEQ ID nr 5 nukleiinhappelisele järjestusele, mis on GenBankist kättesaadav juurdepääsunumbri NM_001657 all. Termin kasvaja kasvufaktor alfa vastab valku kodeerivale geenile ja sellisele valgule endale, mis on kasvaja kasvufaktori perekonna (TGF-id) liikmeks. Need on bioloogiliselt aktiivsed peptiidid, mis vahendavad pöörduvalt kultiveeritud rakkude transformeeritud fenotüüpi. Kasvaja kasvufaktor alfa järjestus on ligikaudu 40% ulatuses homoloogiline epidermaalse kasvufaktoriga ja konkureerib EGF-iga seondumises EGF-i retseptoriga, stimuleerib selle fosforüülimist ja mitogeense vastuse saamist. Leiutisekohaselt on kasvaja kasvufaktori alfa aminohappeline järjestus selline, mis vastab SEQ ID nr 3 aminohappelisele järjestusele. Leiutisekohaselt on kasvaja kasvufaktori alfa cdna nukleiinhappeline järjestus selline, mis vastab SEQ ID nr 7 nukleiinhappelisele järjestusele, mis on GenBankist kättesaadav juurdepääsunumbri NM_003236 all. Termin kasvaja kasvufaktor alfa vastab valku kodeerivale geenile ja sellisele valgule endale, mis on kasvaja kasvufaktori perekonna (TGF-id) liikmeks. Epidermaalne kasvufaktor (EGF) avaldab selgelt väljendunud toimet spetsiifiliste rakkude diferentseerumisele in vivo ning on tugev mitogeenne faktor paljudele

5 10 15 20 25 30 11 EE - EP1915460 B1 ektodermaalse ja mesodermaalse päritoluga kultiveeritavatele rakkudele. Arvatakse, et EGF-i prekursoriks on membraaniga seotud molekul, mis lõhustatakse proteolüütiliselt, et genereerida rakkude jagunemist stimuleerivat 53 aminohapet sisaldavat peptiidhormooni. Leiutisekohaselt on kasvaja kasvufaktori alfa aminohappeline järjestus selline, mis vastab SEQ ID nr 2 aminohappelisele järjestusele. Leiutisekohaselt on epidermaalse kasvufaktori (EGF) cdna nukleiinhappeline järjestus selline, mis vastab SEQ ID nr 6 nukleiinhappelisele järjestusele, mis on GenBankist kättesaadav juurdepääsunumbri NM_001963 all. Epidermaalne kasvufaktor, lühendatult EGFR, on 170 kd glükoproteein, mis koosneb N-terminaalsest ekstratsellulaarsest domeenist, hüdrofoobsest transmembraansest domeenist ja C-terminaalsest intratsellulaarsest piirkonnast, mis sisaldab kinaasi domeeni. mrna esineb erinevates variantides, mis transleeritakse erinevateks retseptorvalkudeks. Leiutisekohaselt on epidermaalse kasvufaktori retseptori aminohappeline järjestus selline, mis vastab SEQ ID nr 11 (transkript variant 1; GenBanki juurdepääsunumber NM_005228), SEQ ID nr 12 (transkript variant 2; GenBanki juurdepääsunumber NM_201282), SEQ ID nr 13 (transkript variant 3; GenBanki juurdepääsunumber NM_201283) või SEQ ID nr 14 (transkript variant 4; GenBanki juurdepääsunumber NM_201284) aminohappelisele järjestusele. EGFR, mida kodeerib geen erbb1, osaleb põhjuslikult inimese pahaloomulises vähktõves. Eelkõige on täheldatud EGFR-i suurenenud ekspressiooni rinna-, kusepõie-, kopsu-, pea- ja kaelapiirkonna ning nii maovähi kui ka glioblastoomide korral. EGFR-i ligand-indutseeritud dimeriseerumine aktiveerib sisemise RTK domeeni (Src homoloogilise domeeni 1, SH1), mille tulemuseks on EGFR-i kuue spetsiifilise türosiinijäägi autofosforüülumine tsütoplasmalise domeeni mittekatalüütilises osas. Vähirakkudes hõlmavad EGFR-i aktiveerimise rakulised efektid suurenenud prolifereerumist, rakkude liikuvuse, adhesiooni, invasiooni, angiogeneesi soodustamist ja rakkude suuremad elulemust apoptoosi inhibeerimise tõttu. Aktiveeritud EGFR indutseerib tuumorirakkude proliferatsiooni tänu mitogeen-aktiveeritud proteiinkinaasi (MAPK) kaskaadi stimuleerimisele. Termineid "inimese neu", "c-erbb-2", "erbb2", "erbb-2", "HER-2/neu", "Her2" ja "HER-2" kasutatakse siin samaväärsetena. Termin Her2 vastab valku

5 10 15 20 25 30 12 EE - EP1915460 B1 kodeerivale geenile ja sellisele valgule endale, mis on epidermaalse kasvufaktori (EGF) retseptori türosiini kinaaside perekonna liikmeks. Sellel valgul endal puudub ligandi seondav domeen ja seetõttu ei saa see seondada kasvufaktoreid. Siiski seondub see tugevalt muude ligandiga seondunud EGF-i retseptori perekonna liikmetega heterodimeeri moodustumisega, stabiliseerib ligandi seondumist ja võimendab pärisuunaliste signaaliradade kinaas-vahendatud aktiveerimist, näiteks selliste, milles osalevad mitogeen-aktiveeritud proteiinkinaas ja fosfatidüülinositool-3 kinaas. On teatatud isovormi ning aminohappeliste positsioonide 654 ja 655 (isovormi b positsioonide 624 ja 625) alleelsetest variatsioonidest, leiutisekohaselt on eelistatav kõige tavalisem alleel IIe654/II655. Selle geeni amplifitseerimise ja/või üleekspresseerimise kohta on teateid paljude vähkkasvajate, sealhulgas rinna- ja munasarjavähi korral. Alternatiivse splaissimise tulemuseks on mitmed täiendavad transkriptide variandid, mõned neist kodeerivad erinevaid isovorme ja siiani veel täielikult iseloomustamata vorme. Leiutisekohaselt on Her2 aminohappeline järjestus selline, mis vastab SEQ ID nr 4 aminohappelisele järjestusele. Leiutisekohaselt on Her2 cdna nukleiinhappeline järjestus selline, mis vastab SEQ ID nr 8 nukleiinhappelisele järjestusele, mis on GenBankist kättesaadav juurdepääsunumbri NM_004448.2 all. Her2 ekstratsellulaarne domeen või Her2 isoleeritud ekstratsellulaarne domeen on glükoproteein, mille molekulmass on vahemikus 97 kuni 115 kda ja mis vastab põhimõtteliselt inimese Her2 geeniprodukti ekstratsellulaarsele domeenile. Seda võib nimetada ka kui p105 (Zabrecky, J. R. jt, J. Biol. Chem. 266 (1991) 1716 1720; patendidokumendid US 5 401 638; US 5 604 107). Her2 ekstratsellulaarse domeeni kvantifitseerimist ja tuvastamist on kirjeldatud patendidokumentides US 5 401 638 ja US 5 604 107. Termin Her3 tähistab epidermaalse kasvufaktori retseptori (EGFR) türosiini kinaaside retseptori perekonna järgmist liiget. Sellele membraaniga seotud valgul puudub aktiivse kinaasi domeen. See valk saab siduda ligande, kuid ei ole võimeline rakku signaali edastama. See moodustab heterodimeere EGF retseptori perekonna teiste liikmetega, mille on kinaasi aktiivsus ja mis toob kaasa raku prolifereerumise või diferentseerumise. Selle geeni amplifitseerimine ja/või selle valgu üleekspresseerimine on kindlaks tehtud paljudes vähkkasvajates.

5 10 15 20 25 30 13 EE - EP1915460 B1 Leiutisekohaselt on Her3 cdna aminohappeline järjestus selline, mis vastab SEQ ID nr 9 aminohappelisele järjestusele, mis on GenBankist kättesaadav juurdepääsunumbri NM_001005915 all oleva Her3 nukleiinhappelise järjestuse translatsiooni abil. Leiutisekohaselt on Her3 cdna nukleiinhappeline järjestus selline, mis vastab SEQ ID nr 10 nukleiinhappelisele järjestusele, mis on GenBankist kättesaadav juurdepääsunumbri NM_001005915 all. Terminit antikeha kasutatakse siin kõige laiemas tähenduses ning täpsemalt öeldes on sellega kaetud monoklonaalsed antikehad, polüklonaalsed antikehad, polüspetsiifilised antikehad (näiteks bispetsiifilsed antikehad), mis on saadud vähemalt kahest kahjustamata antikehast ja antikeha fragmentidest juhul, kui neil on soovitud bioloogiline aktiivsus. Termin monoklonaalne antikeha vastab siin kasutatuna antikehale, mis on saadud põhimõtteliselt homogeensest antikehade populatsioonist, see tähendab, et populatsiooni moodustavad antikehad on identsed, välja arvatud võimalike vähesel määral looduslikult esinevate mutatsioonide poolest. Monoklonaalsed antikehad on ülimalt spetsiifilised ja on suunatud ühele antigeensele saidile. Lisaks on kõik monoklonaalsed antikehad suunatud üksikule antigeensele determinandile erinevalt polüklonaalsetest antikehapreparaatidest, mis sisaldavad erinevaid antikehasid, mis on suunatud erinevatele determinantidele (epitoopidele). Lisaks spetsiifilisusele on monoklonaalsed antikehad kasulikud selle poolest, et neid saab sünteesida nii, et nendes puuduvad saastavate lisanditena teised antikehad. Täiend monoklonaalne näitab seda, et antikeha on saadud antikehade põhimõtteliselt homogeensest populatsioonist ja seda ei tule tõlgendada kui nõuet antikeha tootmiseks ükskõik millise konkreetse meetodiga. Näiteks võib leiutisekohaselt kasutatavaid monoklonaalseid antikehi valmistada hübridoommeetodil, mida on esmakordselt kirjeldatud töös Kohler G. jt Nature, 256 (1975) 495 497, või võib neid valmistada rekombinantse DNA meetodil (vaadake näiteks USA patenti nr 4 816 567). Antikeha fragmendid hõlmavad kahjustamata antikeha osa. Antikeha, mis seondub leiutisekohase huvipakkuva antigeeniga, on selline, mis on võimeline siduma seda antigeeni piisava afiinsusega, nii et antikeha on kasulik antigeeni olemasolu kindlakstegemiseks. Leiutisekohane antikeha on selline, mis

5 10 15 20 25 30 14 EE - EP1915460 B1 seondub inimese Her2-ga ega astu (olulisel määral) ristreaktsioonidesse muude valkudega. Selliste teostuste korral on antikeha seondumise määr muude valkudega alla 10%, määratuna fluorestseeruvate aktiveeritud rakkude analüüsi meetodiga (FACS) või radioimmuunpretsipitatsiooni (RIPA) teel. Dimeriseerumine retseptorite paardumine on oluline kõikide HER retseptorite aktiivsusest signaliseerimisel. Leiutisekohaselt vastab termin Her dimeriseerumise inhibiitor või eelistatavalt Her2 heterodimeriseerumise inhibiitor terapeutilisele toimeainele, mis seondub Her2-ga ja inhibeerib Her2 heterodimeriseerumist. Need on eelistatavalt antikehad, eelistatavalt monoklonaalsed antikehad, eelistatavamalt humaniseeritud antikehad, mis seonduvad Her2-ga ja inhibeerivad Her2 heterodimeriseerumist. HER2-ga seonduvate antikehade näited hõlmavad 4D5, 7C2, 7F3 või 2C4 ja ka nende humaniseeritud variante, sealhulgas humab4d5-1, humab4d5-2, humab4d5-3, humab4d5-4, humab4d5-5, humab4d5-6, humab4d5-7 ja humab4d5-8, mida on kirjeldatud USA patendis nr 5 821 337 toodud tabelis 3; ja humaniseeritud 2C4 mutante numbritega 560, 561, 562, 568, 569, 570, 571, 574, või 56869, mida on kirjeldatud patendidokumendis in WO 01/00245. 7C2 ja 7F3 ning nende humaniseeritud variante on kirjeldatud patendidokumendis WO 98/17797. Seda terminit ei tule kasutada selliste monoklonaalsete antikehade nagu trastusumabi korral, mida müüakse nimetuse Herceptin all, sest tegemist on erineva toimemehhanismiga ja see antikeha ei inhibeeri Her-i dimeriseerumist. Eelistatavalt on selleks kogu taotluse ulatuses antikeha C24, eelkõige selle humaniseeritud variant (patendidokument WO 01/00245; saadakse Ameerika tüüpkultuuride kollektsioonis, Manassass, VA, USA ATCCHB,12697 all deponeeritud hübridoomrakuliinist), mis seondub Her2 ekstratsellulaarse domeeni piirkonnaga (näiteks ükskõik millise ühe või mitme jäägiga piirkonnas, mis jääb Her2 jääkide 22 kuni 584 vahele, sealhulgas otsmised numbrid). Epitoop C24 on ErbB2 ekstratsellulaarse domeeni piirkond, millega seondub antikeha C24. Väljend monoklonaalne antikeha C24 vastab antikehale, millel on antigeeni seondavad jäägid, mis vastavad patendidokumendi WO 01/00245 näidetes toodud hiire 2C4 antikehale või on nendest saadud. Monoklonaalseks antikehaks 2C4 võib näiteks olla hiire monoklonaalne antikeha 2C4 või selle variant, nagu humaniseeritud antikeha 2C4, millel on hiire monoklonaalsest antikehast 2C4

5 10 15 EE - EP1915460 B1 pärinevad antigeeni seondavad aminohappejäägid. Humaniseeritud 2C4 antikehade näited on toodud patendidokumendi WO 01/00245 näites 3. Kui ei ole öeldud teisiti, siis vastab siin kasutatud väljend rhumab 2C4 antikehale, millel on vastavalt patendidokumendis WO 01/00245 toodud järjestuste SEQ ID nr 3 ja 4 muutuv kerge (VL) ning muutuv raske (VH) järjestus, mis on sulandatud inimese kerge ja raske IgG1 (mitte-a allotüüp) konstantse piirkonna järjestustega, mis on valikuliselt ekspresseeritud Hiina hamstri munasarjarakkudes (CHO). Patendidokumendis WO 01/00245 toodud eelistatavad teostused on eelistatavad ka siin. Humaniseeritud antikeha 2C4 nimetatakse ka pertusumabiks (Omnitarg TM ). Komplekt on toode (näiteks pakend või konteiner), mis sisaldab vähemalt üht reaktiivi, näiteks sondi, mis on mõeldud leiutisekohase markergeeni või valgu spetsiifiliseks tuvastamiseks. Eelistatavalt esitletakse, levitatakse või müüakse toodet üksusena, mis on mõeldud kasutamiseks leiutisekohastes meetodites. 15 Verbid kindlaks tegema ja määrama on samatähenduslikud ning neid kasutatakse taotluses samaväärsetena. LEIUTISE ÜKSIKASJALIK KIRJELDUS 20 25 Molekulaarbioloogias ja nukleiinhapete keemias tavapäraselt kasutatavaid meetodeid, mis vastavad tehnika tasemele, on selgitatud kirjanduses. Vaadake näiteks Sambrook J. jt, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989; Gait, M. J. (ed.), Oligonucleotide synthesis - a practical approach, IRL Press Limited, 1984; Hames, B. D. and Higgins, S. J. (eds.), Nucleic acid hybridisation - a practical approach, IRL Press Limited, 1985; ja seeria Methods in Enzymology, Academic Press, Inc., mis kõik on siia lisatud viidetena. Kõik siin eespool ja hiljem mainitud patendid, patenditaotlused ja publikatsioonid on siia listaud viidetena. Leiutise ühe teostusena välja meetod patsiendi reaktsiooni ennustamiseks ravimisel HER dimeriseerumise inhibiitoriga, mis hõlmab etappe: 30 a) patsiendilt võetud bioloogilises proovis, seejuures on bioloogiline proov vereseerum, ekspressioonimäära määramine järgmiste valkude puhul

16 EE - EP1915460 B1 - kasvaja kasvufaktori alfa markergeeni poolt kodeeritav markervalk või - markergeenide poolt kodeeritavate markervalkude kombinatsioon. Seejuures hõlmab markergeenide poolt kodeeritav markervalkude kombinatsioon markervalke, mida kodeerivad 5 - kasvaja kasvufaktor alfa ja HER2 markergeen, - kasvaja kasvufaktor alfa ja epidermaalse kasvufaktori markergeen, - amfireguliin ja kasvaja kasvufaktori alfa markergeen, - kasvaja kasvufaktori alfa, epidermaalse kasvufaktori ja HER2 markergeen, 10 - amfireguliin, epidermaalse kasvufaktori ja kasvaja kasvufaktori alfa markergeen, - amfireguliini, kasvaja kasvufaktori alfa ja HER2 markergeen, - epidermaalse kasvufaktori, kasvaja kasvufaktori alfa, ja HER2 markergeen, 15 - amfireguliini, epidermaalse kasvufaktori, kasvaja kasvufaktori alfa ja HER2 markergeen, ja b) HER dimeriseerumise inhibiitoriga ravi korral patsiendi reaktsiooni ennustamine etapi a) tulemuste hindamise alusel. 20 Eelistatavalt hõlmab leiutisekohase meetodis etapp a) markergeeni või markergeenide poolt kodeeritava markervalgu või markergeenide poolt kodeeritava markervalkude kombinatsiooni määramine a1) markergeeni poolt kodeeritava markervalgu või markergeenide poolt kodeeritavate markervalkude kombinatsiooni ekspressioonimäära määramist, 25 a2) selle kindlakstegemist, kas etapis a1) määratud ekspressioonimäär on läviväärtusest suurem või väiksem.

17 EE - EP1915460 B1 Läviväärtus on eelistatavalt väärtus, mis on avaldatud massina vereseerumi mahuühiku kohta. Seda saab määrata eriala asjatundjale tuntud meetoditega ja need on avalikustatud ka leiutises. 5 10 15 20 25 30 Leiutise eelistatava teostuse kohaselt saab reaktsiooni ravile määrata siis, kui läviväärtus on läviväärtusest suurem või väiksem. Arvesse võttes leiutisekohane kasvaja kasvufaktori alfa markergeeni poolt kodeeritava üksiku markervalgu kasutamist, on olukord metastaatilise rinnavähiga patsientide korral järgmine. See võib siiski oleneda näidustusest, kuid seda saab määrata ka leiutises avalikustatu alusel. Arvesse võttes üksnes kasvaja kasvufaktori alfa markergeeni, on väikesed ekspressioonimäärad soodsad progresseerumiseta elulemuse (ajavahemik kuni surmani või progresseerumise alguseni) ja üldise elulemuse (ajavahemik kuni surmani) jaoks siis, kui HER dimeriseerumise inhibiitoriga ravitakse patsienti, kellel on Her2 väikese ekspressiooniga rinnavähk, see tähendab kasvaja kasvufaktori alfa markergeeni väike ekspressioonimäär ennustab nende patsientide korral head reaktsiooni ravimisel HER dimeriseerumise inhibiitoriga (vaadake joonist fig 7). See juht vastab nii töötlemata kui ka kohandatud kliinilistele ühismuutujatele. Seega on eelistatav, et kasvaja kasvufaktori alfa markergeeni etapis a1) määratud ekspressioonimäär on väiksem läviväärtusest, mis prognoosib hea reaktsiooni ravile HER dimeriseerumise inhibiitoriga patsientide korral, kellel on Her2 väikese ekspressiooniga metastaatiline rinnavähk. Et markergeenide poolt kodeeritavaid markervalke, eelkõige seerumis olevaid, võib kasutada paljusid markereid hõlmavates prognoosimismudelites, mis sisaldavad muid kliinilisi ühismuutujaid, siis ei ole sellistes mudelites võimalik lihtsal viisil määrata kasvaja kasvufaktori alfa markergeeni poolt kodeeritava üksiku markervalgu kasuliku toime suunda ning see võib osutuda vastukäivaks suunaga, mis on leitud ühemõõtmelise analüüsi abil, see tähendab olukorras, mida on kirjeldatud markergeeni poolt kodeeritava üksiku markervalgu kasutamisel. Eelistatavamalt määratakse leiutisekohases meetodis läviväärtus enne leiutisekohase meetodi etappi a1) sel teel, et 1) määratakse markergeeni poolt kodeeritava markervalgu või markergeenide

18 EE - EP1915460 B1 poolt kodeeritavate markervalkude kombinatsiooni ekspressioonimäär paljudes bioloogilistes proovides, seejuures on bioloogilisteks proovideks patsientidelt enne HER dimeriseerumise inhibiitoriga ravimist vereseerumid, 5 2) läviväärtuse määramiseks leitakse Her dimeriseerumise inhibiitoriga ravitud patsientide reaktsiooni ja etapis a1) määratud markergeeni poolt kodeeritava markervalgu või markergeenide poolt kodeeritavate markervalkude kombinatsiooni ekspressioonimäära vaheline korrelatsioon. Läviväärtus on eelistatavalt väärtus, mis on avaldatud massina vereseerumi mahuühiku kohta. 10 15 20 25 30 Leiutis käsitleb ka leiutisekohaste markergeenide poolt kodeeritavate markervalkude mutante või variante, mida kasutatakse leiutiskohastes meetodites. Nendes mutantides või variantides on markergeeni loomulikku järjestust muudetud asenduste, deletsioonide või insertsioonide abil. Loomulik järjestus vastab aminohappelisele või nukleiinhappelisele järjestusele, mis on identne markergeeni või valgu metsik-tüüpi või loodusliku vormi järjestusele. Leiutis käsitleb ka leiutisekohaste markervalkude mutante või variante, mida kasutatakse leiutiskohastes meetodites. Mutantne aminohappeline järjestus, mutantvalk või mutantpolüpeptiid vastab polüpeptiidile, mille aminohappeline järjestus erineb looduslikust järjestusest või mida kodeerib looduslikust järjestusest sihilikult valmistatud nukleotiidjärjestuse variant. Mutantvalk, variantvalk või muteiin vastab valgule, millel on mutantne aminohappeline järjestus ja hõlmab polüpeptiide, mis leiutisekohaselt erinevad looduslikust valgust aminohappelise järjestuse poolest sel viisil, et aminohappeid on deleteeritud, asendatud või on tehtud mõlemat. Leiutis käsitleb ka meetodit reaktsiooni prognoosimist ravile HER dimeriseerumise inhibiitori ja muu aine või toimeainega kui kemoterapeutiliselt kasutatava toimeaine või terapeutilise antikehaga vähktõve raviks. Kemoterapeutiline toimeaine võib olla näiteks gemtsitabiin (Gemzar, keemiline nimetus: 2',2'-difluorodeoksütsütidiin (dfdc)), karboplatiin (diammiin(tsüklobutaan-1,1-dikarboksülato(2-)-0,0')-plaatina) või paklitakseel (Taxol, keemiline nimetus: (2aR-(2a-α,4-β,4a-β,6-β,

19 EE - EP1915460 B1 9-α(α-R*,β-S*),11-α,12-α,12a-α, 2b-α))benseenepropaanhappe β-(bensoüülamino)-α-hüdroksü-6,12b-bis(atsetüüloksü)-12-(bensoüüloksü)-2a,3,4, 4a,5,6,9,10,11,12,12a,12b-dodekahüdro-4,11-dihüdroksü-4a,8,13,13-tetrametüül- 5-okso-7,11-metano-1H-tsüklodeka(3,4)bens(1,2-b)okset-9-üülester. 5 10 15 20 25 30 Leiutise järgmise eelistatava teostuse korral inhibeerib HER dimeriseerumise inhibiitor HER2 heterodimeriseerumist EGFR-i või HER3 või HER4-ga. Eelistatavalt on HER dimeriseerumise inhibiitor antikeha, eelistatavalt antikeha 2C4. Eelistatavalt on selleks kogu taotluse ulatuses antikeha C24, eelkõige selle humaniseeritud variant (patendidokument WO 01/00245; saadakse Ameerika tüüpkultuuride kollektsioonis, Manassass, VA, USA ATCCHB,12697 all deponeeritud hübridoomrakuliinist), mis seondub Her2 ekstratsellulaarse domeeni piirkonnaga (näiteks ükskõik millise ühe või mitme jäägiga piirkonnas, mis jääb Her2 jääkide 22 kuni 584 vahele, sealhulgas otsmised numbrid). Humaniseeritud 2C4 antikehade näited on välja pakutud patendidokumendi WO 01/00245 näites 3. Humaniseeritud antikeha 2C4 nimetuseks on ka Omnitarg TM või pertusumab. Leiutise veel ühe järgmise eelistatava teostuse korral on patsiendiks vähihaige patsient, eelistataval rinnavähi, munasarjavähi, kopsuvähiga või eesnäärmevähiga patsient. Rinnavähiga patsient on eelistatavalt metastaatilise rinnavähiga patsient või HER2 väikese ekspressiooniga rinnavähi või metastaatilise rinnavähiga patsient või HER2 suure ekspressiooniga rinnavähi või metastaatilise rinnavähiga patsient. Munasarjavähiga patsient on eelistatavalt metastaatilise munasarjavähiga patsient. Kopsuvähiga patsient on eelistatavalt mitteväikerakulise kopsuvähiga (NSCLC) patsient. Leiutise eelistatava teostuse korral määratakse markergeeni või markergeenide kombinatsiooni ekspressioonimäär proovis markergeeni või markergeenide kombinatsiooni poolt kodeeritava markervalgu või selle fragmendi või kodeeritavate markervalkude või nende fragmentide kombinatsiooni ekspressioonimäära kindlakstegemise abil. Eelistatavalt tehakse markervalgu või selle fragmendi või markervalkude või nende fragmentide kombinatsiooni ekspressioonimäär kindlaks reaktiivi abil, mis seondub spetsiifiliselt markervalgu või selle fragmendiga või markervalkude või nende fragmentide kombinatsiooniga. Eelistatavalt on reaktiiv valitud rühmast, kuhu kuuluvad antikeha, antikeha

fragment või antikeha derivaat. 20 EE - EP1915460 B1 5 10 15 20 On olemas mitmeid erinevaid immunoanalüüsi tüüpe, mida võib kasutada leiutisekohases meetodis, näiteks ensüümikaudne immunosorptsioonimeetod (ELISA), fluorestsentsimmunosorptsioonanalüüs (FIA), kemoluminestsentsil põhinev immunosorptsioonanalüüs (CLIA), radioimmuunanalüüs (RIA) ja immunoblottimine. Ülevaate saamiseks erinevatest kasutatavatest immunoanalüüsimeetoditest vaadake raamatut: Lottspeich and Zorbas (eds.), Bioanalytik, 1 st edition 1998, Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg, Berlin, Saksamaa. Niisiis tehakse leiutise veel ühe eelistatava teostuse kohaselt ekspressioonimäär kindlaks meetodiga, mis on valitud rühmast, kuhu kuuluvad proteoomika, läbivoolutsütomeetria, immunotsütokeemiline analüüs, immunohistokeemiline analüüs, ensüümikaudne immunosorptsioonimeetod, paljukanaline ensüümikaudne immunosorptsioonimeetod ja nende meetodite variatsioonid. Niisiis määratakse ekspressioonimäär eelistatavamalt meetodiga, mis on valitud rühmast, kuhu kuuluvad proteoomika, läbivoolutsütomeetria, immunotsütokeemiline analüüs, immunohistokeemiline analüüs, ensüümikaudne immunosorptsioonimeetod, paljukanaline ensüümikaudne immunosorptsioonimeetod ja nende meetodite variatsioonid. Leiutise järgmise eelistatava teostuse kohaselt on markervalgu fragmendiks Her2 markervalgu ekstratsellulaarne domeen. Eelistatavalt on Her2 markervalgu ekstratsellulaarse domeeni molekulmass ligikaudu 105 000 daltonit. Dalton on massiühik, mis on arvuliselt võrdne vesinikuaatomi massiga ehk 1,657 x 10 24 grammiga. Leiutise järgmise eelistatava teostuse korral 25 - on amfireguliini markervalgu aminohappeliseks järjestuseks aminohappeline järjestus SEQ ID nr 1, - on epidermaalse kasvufaktori markervalgu aminohappeliseks järjestuseks aminohappeline järjestus SEQ ID nr 2, 30 - on kasvaja kasvufaktori alfa markervalgu aminohappeliseks järjestuseks aminohappeline järjestus SEQ ID nr 3, või

21 EE - EP1915460 B1 - on HER2 markervalgu aminohappeliseks järjestuseks aminohappeline järjestus SEQ ID nr 4. Leiutise järgmise eelistatava teostuse kohaselt on läviväärtus vereseerumis 5 - kasvaja kasvufaktori alfa markervalgu jaoks vahemikus 2,0 kuni 10,0, eelistatavalt vahemikus 2,0 kuni 5,0 pg/ml, eelistatavamalt 3,5 pg/ml, - epidermaalse kasvufaktori markervalgu jaoks vahemikus 100 kuni 250 pg/ml, eelistatavalt 150 pg/ml, või - amfireguliini markervalgu jaoks vahemikus 6 kuni 15 pg/ml, eelistatavalt 12 pg/ml. 10 Leiutise veel ühe järgmise teostuse kohaselt on läviväärtus vereseerumis Her2 markervalgu ekstratsellulaarse domeeni jaoks vahemikus 12 kuni 22 ng/ml, eelistatavalt 18 ng/ml. Amfireguliini markerpolünukleotiidi nukleiinhappeliseks järjestuseks on nukleiinhappeline järjestus SEQ ID nr 5, 15 - on epidermaalse kasvufaktori markervalgu markerpolünukleotiidi nukleiinhappeliseks järjestuseks on nukleiinhappeline järjestus SEQ ID nr 6, - kasvaja kasvufaktori alfa markerpolünukleotiidi nukleiinhappeliseks järjestuseks on nukleiinhappeline järjestus SEQ ID nr 7, või - HER2 markerpolünukleotiidi nukleiinhappeliseks järjestuseks on nukleiinhappeline järjestus SEQ ID nr 8. 20 25 Leiutise järgmise teostuse kohaselt kasutatakse antikeha, mis seondub kasvaja kasvufaktori alfa markervalguga selleks, et ennustada reaktsiooni ravile. Markergeeni ekspressioon erineb tunduvalt võrdlusproovis oleva markergeeni ekspressioonimäärast siis, kui patsiendilt võetud proovis oleva markergeeni ekspressioonimäär erineb võrdlussubjektilt võetud proovile vastavast määrast enam kui ekspressiooni hindamiseks kasutatud analüüsi standardvea võrra ja eelistatavalt on erinevus vähemalt 10% ning eelistatavamalt 25%, 50%, 75%, 100%, 125%, 150%, 175%, 200%, 300%, 400%, 500% või 1000%. Alternatiivselt võib markergeeni ekspressiooni patsiendil lugeda tunduvalt väiksemaks

5 10 22 EE - EP1915460 B1 kontrollsubjektil esinevast ekspressioonimäärast siis, kui patsiendilt võetud proovis oleva markergeeni ekspressioonimäär on väiksem võrdlussubjektilt võetud proovile vastavast määrast enam kui ekspressiooni hindamiseks kasutatud analüüsi standardvea võrra ja eelistatavalt on erinevus vähemalt 10% ning eelistatavamalt 25%, 50%, 75%, 100%, 125%, 150%, 175%, 200%, 300%, 400%, 500% või 1 000%. Ekspressioonimäära erinevus võib olla kuni 10 000 või 50 000% Eelistatavalt on ekspressioonimäära erinevus vahemikus 10% kuni 10 000%, eelistatavamalt vahemikus 25% kuni 10 000%, 50% kuni 10 000%, 100% kuni 10 000%, veelgi eelistatavamalt vahemikus 25% kuni 5000%, 50% kuni 5000%, 100% kuni 5000%. JOONISTE LOETELU Joonis fig 1. TGF-alfa logaritmiliselt teisendatud sisalduse ja klassifitseeritud kliinilise kasulikkuse vaheline korrelatsiooniväli 15 Joonis fig 2. Amfireguliini logaritmiliselt teisendatud sisalduse ja klassifitseeritud kliinilise kasulikkuse vaheline korrelatsiooniväli 20 Joonis fig 3. Joonis fig 4. Joonis fig 5. Joonis fig 6. Joonis fig 7. TGF-alfa kliinilise kasulikkuse järjestus Amfireguliini kliinilise kasulikkuse järjestus EGF-i kliinilise kasulikkuse järjestus HER2-ECD kliinilise kasulikkuse järjestus Ülevaade esmastest piirilistest punktidest ja logaritmilise astaktesti p-väärtustest TTP ja TTD jaoks amfireguliini, EGF, TGF-alfa, HER2-ECD korral 25 Joonis fig 8. Esialgsetel üksikmarkeri piirilistele punktidel põhinev Kaplani-Meieri graafik TGF-alfa korral progresseerumise algusele / surmale vastava ajavahemiku kohta Joonis fig 9. Esialgsetel üksikmarkeri piirilistele punktidel põhinev Kaplani-Meieri graafik TGF-alfa korral surmale vastava ajavahemiku kohta

23 EE - EP1915460 B1 Joonis fig 10. Esialgsetel üksikmarkeri piirilistele punktidel põhinev Kaplani-Meieri graafik amfireguliini korral progresseerumise algusele / surmale vastava ajavahemiku kohta 5 Joonis fig 11. Esialgsetel üksikmarkeri piirilistele punktidel põhinev Kaplani-Meieri graafik amfireguliini korral surmale vastava ajavahemiku kohta Joonis fig 12. Esialgsetel üksikmarkeri piirilistele punktidel põhinev Kaplani-Meieri graafik EGF korral progresseerumise algusele / surmale vastava ajavahemiku kohta 10 15 Joonis fig 13. Esialgsetel üksikmarkeri piirilistele punktidel põhinev Kaplani-Meieri graafik EGF korral surmale vastava ajavahemiku kohta Joonis fig 14. Esialgsetel üksikmarkeri piirilistele punktidel põhinev Kaplani-Meieri graafik HER2-ECD korral progresseerumise algusele / surmale vastava ajavahemiku kohta Joonis fig 15. Esialgsetel üksikmarkeri piirilistele punktidel põhinev Kaplani-Meieri graafik HER2-ECD korral surmale vastava ajavahemiku kohta 20 25 Joonis fig 16. Joonis fig 17. Näide kombineeritud skoori kohta, millega paraneb suurema kliinilise kasulikkusega / väiksema kliinilise kasulikkusega rühmade eristamine TTP korral. HER2-ECD ja TGF-alfa kombinatsiooni kliinilise kasulikkuse järjestus Ülevaade esmastest piirilistest punktidest ja logaritmilise astaktesti p-väärtustest TTP ja TTD jaoks TGF-alfa ja HER2-ECD kombinatsiooni korral Joonis fig 18. Esialgsel markeri kombinatsiooni piirilisel punktil põhinev Kaplani-Meieri graafik HER2-ECD/TGF-alfa korral progresseerumise algusele / surmale vastava ajavahemiku kohta

Joonis fig 19. 24 EE - EP1915460 B1 Esialgsel markeri kombinatsiooni piirilisel punktil põhinev Kaplani-Meieri graafik HER2-ECD/TGF-alfa korral surmale vastava ajavahemiku kohta NÄITED 5 10 15 Üldised märkused prognoosimiseeskirjade kohta. Prognoosimiseeskirjad seisnevad üldkujul ühest või mitmest biomarkerist sõltuva funktsiooni kirjeldamises, mis võib hõlmata kliinilisi ühismuutujaid, eesmärgiga prognoosida reaktsiooni esinemist või selle puudumist, või üldisemalt öeldes prognoosida kasulikkust või selle puudumist lähtudes sobivalt määratletud kliinilistest lõpp-punktidest. Prognoosimiseeskirjade lihtsaimaks kujuks on ühismuutujateta ühemõõtmeline mudel, mille korral tehakse prognoos piirilise punkti või läviväärtuse alusel. Seda saab sõnastada Heaviside i funktsiooni kaudu spetsiifilise piirilise punkti c ja biomarkeri mõõdetud väärtuse x jaoks, mille kohta tehakse binaarne prognoos A või B nii, et kui H(x c) = 0, siis on prognoosiks A. kui H(x c) = 1, siis on prognoosiks B. 20 See on lihtsaim viis biomarkeri ühemõõtmeliste määramiste kasutamise kohta prognoosimiseeskirjades. Kui piisab sellisest lihtsast eeskirjast, siis on võimalik lihtsalt kindlaks teha toime suund, see tähendab, kas patsiendile on kasulik ekspressioonimäära suur või väike väärtus. Olukord võib olla keerulisem juhul, kui on vaja arvesse võtta kliinilisi ühismuutujaid ja/või kui mitmese prognoosimiseeskirja korral kasutatakse mitmeid biomarkereid. Selliste juhtude näitlikustamiseks vaatleme kaht hüpoteetilist näidet. 25 Ühismuutujate kohandamine (hüpoteetiline näide). Kliinilises uuringus osaleva populatsiooni jaoks leiti biomarkeri X korral, et ekspressioonimäära suured väärtused seostuvad halva prognoosiga (ühemõõtmeline analüüs). Täpsem analüüs näitas, et populatsiooni korral oli

5 25 EE - EP1915460 B1 tegemist kaht tüüpi tuumoritega, millest ühe korral oli prognoos teisega võrreldes halvem ja samal ajal oli selle tuumorirühma puhul biomarkeri ekspressioonimäär üldjuhul suurem. Kohandatud ühismuutujatega analüüs näitas, et mõlemat tüüpi tuumorite korral oli kliinilise kasulikkuse ja prognoosi vahekord vastupidine, see tähendab, et mõlema tuumoritüübi korral seostusid väiksemad ekspressioonimäärad parema prognoosiga. Summaarne vastupidine toime oli maskeeritud ühismuutuja tuumori tüübi poolt ning prognoosimiseeskirja osana kasutatud ühismuutuja suhtes kohandatud analüüs muutis suuna vastupidiseks. Mitmemõõtmeline prognoosimine (hüpoteetiline näide). 10 15 20 25 Kliinilises uuringus osaleva populatsiooni jaoks leiti biomarkeri X korral, et ekspressioonimäära suured väärtused on nõrgas seoses halva prognoosiga (ühemõõtmeline analüüs). Teise biomarkeri Y jaoks saadi analoogiline tulemus ühemõõtmelise analüüsi korral. X ja Y kombinatsioon andis tulemuseks hea prognoosi juhul, kui mõlemate biomarkerite sisaldus oli väike. Siit tuleneb eeskiri kasuliku prognoosi jaoks juhul, kui mõlema biomarkeri sisaldused on väiksemad teatavast piirilisest väärtusest (JA-seos Heaviside i prognostilises funktsioonis). Eeskiri kombinatsiooni jaoks ei ole enam lihtne eeskiri, mida saab sõnastada ühemõõtmeliselt. Näiteks ei too ekspressioonimäära väikesed väärtused X korral automaatselt kaasa paremat prognoosi. Need lihtsad näited näitavad, et ühismuutujatega ja ühismuutujateta prognoosimiseeskirjade kasutamise üle ei saa otsustada üksikute eraldi võetud biomarkerite sisalduse kaudu. Mitme biomarkeri kombinatsioon koos võimaliku kohandamisega ühismuutujate suhtes ei võimalda kindlaks teha lihtsaid seoseid üksikute biomarkeritega. Statistilised meetodid Statistiline ülesanne hõlmab järgmisi etappe: 30 1. kandidaat-biomarkerite eelnev valimine 2. oluliste kliiniliselt prognostiliste ühismuutjate eelnev valimine 3. biomarkeri prognostiliste funktsioonide valimine ühemõõtmelisel tasemel 4. biomarkeri kliinilisi ühismuutujaid sisaldavate prognostiliste funktsioonide

26 EE - EP1915460 B1 valimine ühemõõtmelisel tasemel 5. biomarkeri prognostiliste funktsioonide valimine mitmemõõtmelisel tasemel 6. biomarkeri kliinilisi ühismuutujaid sisaldavate prognostiliste funktsioonide valimine mitmemõõtmelisel tasemel 5 10 15 20 25 30 Järgnev tekst täpsustab üksikute etappide sisu. Ad1: kandidaat-biomarkerite eelnev valimine. Kandidaat-biomarkerite statistiline eelnev valimine on põhineb nende seose tugevusel kliinilise kasulikkuse määraga. Selleks võib erinevad kliinilised lõpp-punktid teisendada tuletatud asendusskoorideks, nagu kliinilise kasulikkuse määrale järjestuse omistamine või haigestumise skoorid TTP või TTD suhtes, millega välditakse tsenseeritud vaatlused. Neid teisendatud asendusmuutujaid saab kergesti kasutada lihtsas korrelatsioonanalüüsis, näiteks mitteparameetrilise Spearmani astakkorrelatsiooni meetodis. Sellele on alternatiiviks biomarkeri sisalduse määramiste kasutamine meetriliste ühismuutujatena regressioonimudelites aeg-sündmus, näiteks Coxi proportsionaalse riski regressioonanalüüsis. Olenevalt biomarkeri väärtuste statistilisest jaotusest võib see etapp vajada mõningat eelnevat töötlemist, näiteks dispersiooni stabiliseerivaid teisendusi ja sobivate skaalade kasutamist või alternatiivselt standardimisetappi, näiteks töötlemata määramistulemuste asemel protsentiilide kasutamist. Järgmine meetod seisneb kahemõõtmeliste hajuvusdiagrammide uurimises, mis hõlmab näiteks ühe patsiendi andmete põhjal hajuvuse (x-telg = biomarkerile vastav väärtus, y-telg = kliinilise kasulikkuse määr) koostamises. Siin võivad biomarkeri väärtuse ja kliinilise kasulikkuse vahelise seose visualiseerimisel olla kasulikud ka mõned mitteparameetrilised regressioonijooned, mis on saadud näiteks splainidega silumise teel. Nende erinevate lähenemisviiside eesmärgiks on selliste kandidaat-biomarkerite eelnev valimine, millel on teatav seos kliinilise kasulikkusega vähemalt ühe kasutatava kasulikkuse määra korral siis, kui teiste määrade korral saadud tulemused ei ole sellega vastuolus. Kui kasutatakse ka kontrollrühmi, siis võivad erinevates harudes ilmnevad erinevused biomarkerite ja kliinilise kasulikkuse vahelises seoses olla tunnuseks diferentsiaalseks prognoosimiseks, mis teeb need biomarkerid väärtuslikuks edasise uurimise mõttes.

5 10 15 20 25 27 EE - EP1915460 B1 Ad2: oluliste kliiniliselt prognostiliste ühismuutjate eelnev valimine. Terminit kliiniline ühismuutuja kasutatakse siin patsiendi kohta käiva kogu muu teabe kirjeldamiseks, mis on tavaliselt algmomendil kättesaadav. Need kliinilised ühismuutujad hõlmavad demograafilist teavet, nagu sugu, vanus jms, muud anamneesi hulka kuuluvat teavet, samaaegseid haigusi, samaaegseid ravisid, füüsikaliste uuringute tulemusi, tavapäraste laboratoorsete analüüside parameetreid, sihttuumori tuntud omadusi, pahaloomulise haiguse ulatuse kohta käivat kvantitatiivset teavet, kliinilise toimivuse skoore, nagu ECOGi või Karnofsky indeksit, haiguse kliinilist etappi, eelnevate ravimeetodite aega ja tulemusi ning haiguslugu, aga ka kogu analoogilist teavet, mida saab seostada kliinilise prognoosiga. Kliiniliste ühismuutujate statistiline eelnev valimine on võrreldav biomarkerite eelneval valimisel põhineva lähenemisviisiga ning on samuti suunatud seose tugevusele kliinilise kasulikkuse määraga. Seega on siin rakendatavad põhimõtteliselt samad meetodid, mida käsitleti punktis 1. Lisaks statistilistele kriteeriumitele võib oluliste kliiniliste ühismuutujate eelneval valimisel kasutada ka kliinilisel kogemusel ja teoreetilistel teadmistel põhinevaid kriteeriume. Kliiniliste ühismuutujate alusel tehtud prognoos võib olla vastastikuses seoses biomarkerite alusel tehtud prognoosiga. Vajaduse korral saab neid kasutada prognoosimiseeskirja täpsustamiseks. Ad3: biomarkeri prognostiliste funktsioonide valimine ühemõõtmelisel tasemel Terminit prognostiline funktsioon kasutatakse üldiselt biomarkeri sisaldusest numbrilise funktsiooni tähenduses, mis annab lõpp-prognoosi jaoks skaleeritava arvulise väärtuse. Lihtne näide on Heaviside i funktsiooni valimine spetsiifilise piirilise punkti c ja biomarkeri mõõdetud väärtuse x jaoks, mille kohta tehakse binaarne prognoos A või B nii, et kui H(x - c) = 0, siis on prognoosiks A. kui H(x - c) = 1, siis on prognoosiks B. 30 See on tõenäoliselt kõige tavalisem viis biomarkeri ühemõõtmeliste määramiste kasutamise kohta prognoosimiseeskirjades. Prognostilise funktsiooni

5 10 15 20 25 30 28 EE - EP1915460 B1 määratlemine seisneb tavaliselt tagasipöördumises olemasolevate õppeandmete komplekti poole, mida saab kasutada prognoosimisvõimaluste uurimiseks. Selleks, et saada õppeandmetest sobivat piirilist punkti c, võib kasutada erinevaid teid. Esiteks võib piirilise punkti c määramiseks kasutada punktis 1 mainitud ja splainiga silutud korrelatsioonivälja. Alternatiivselt võib valida jaotusest mõne protsentiili, näiteks mediaani või kvartiili. Samuti võib piirilise punkte leida süstemaatiliselt kõikide piiriliste punktide uurimisel nende prognoosimisvõime seisukohalt kliinilise kasulikkuse suhtes. Seejärel võib need tulemused käsitsi valiku tegemiseks kanda graafikule või rakendada optimaalsete punktide leidmiseks mingit otsingualgoritmi. See realiseeriti TTP ja TTD lõpp-punktide alusel Coxi mudeli abil, kus iga katse korral kasutati biomarkeri piirilist punkti binaarse ühismuutujana. Prognoosimiskriteeriumiteks olid saadud ohustatuse suhted. seejärel võib TTP ja TTD korral saadud tulemusi vaadelda koos, et valida selline piiriline punkt, mille abil saab prognoosida korraga mõlema lõpp-punkti kasutamisel. Järgmine tavapärasest erinev lähenemisviis prognostilise funktsiooni valikuks võib põhineda fikseeritud parameetriga Coxi regressioonimudelil, mis saadakse õppekomplektist koos ühismuutujatena kasutatud biomarkerite väärtustega (võimalik ka nende teisendamine). Sel juhul võib prognoos oleneda lihtsalt sellest, kas arvutatud ohustatuse suhe on väiksem või suurem kui 1. Järgmiseks on võimaluseks on otsustuse aluseks mõningase tõepärasuhte (või selle monotoonse teisenduse) võtmine, mille korral tõenäosuse sihttihedus on eelnevalt määratletud prognostiliste seisundite eristamiseks mõeldud õppekomplektis. Seejärel võib biomarkereid kasutada mõnes tihedussuhte funktsioonis. Ad4: biomarkeri kliinilisi ühismuutujaid sisaldavate prognostiliste funktsioonide valimine ühemõõtmelisel tasemel. Ühemõõtmelisus vastab siin üksnes ühe biomarkeri kasutamisele kliiniliste ühismuutujate suhtes võib tegemist olla mitmemõõtmelise mudeliga. Seda lähenemisviisi kõrvutatakse kliiniliste ühismuutujate otsinguga, kuid meetodid peavad võimaldama ühismuutujate suhtes olulise teabe kaasamist. Piiriliste punktide valimine korrelatsioonivälja meetodil võimaldab ühismuutujaid kasutada üksnes piiratud ulatuses, näiteks binaarne ühismuutuja võib olla diagrammil esitatud värvuskoodi abil. Kui analüüs põhineb

5 29 EE - EP1915460 B1 teataval regressioonil, siis on ühismuutujate (ka samaaegselt mitme) kasutamisest tavaliselt abi. Piiriliste punktide otsing, mis põhineb punktis 3 kirjeldatud Coxi mudelil, võimaldab ühismuutujaid lihtsale kaasata ja seega saadakse siis ühismuutujate suhtes kohandatud ühemõõtmeline piiriliste punktide otsing. Ühismuutujate suhtes kohandamist võib teha kas ühismuutujaid sisaldava mudeli või stratifitseeritud analüüsi kaasamisega. Ühismuutujate kaasamine on võimalik ka muude prognostiliste funktsioonide valimisel. 10 15 20 25 30 See on otsene siis, kui prognostiliseks funktsiooniks on valitud Coxi mudel. Siin on võimalus ühismuutujate mõju hindamiseks koosmõju tasemel, mis tähendab seda, et näiteks erinevate vanusrühmade korral kasutatakse ohustatuse erinevaid suhteid. Tõepärasuhte tüüpi prognostiliste funktsioonide korral tuleb prognostiline tihedus määrata ühismuutujate kasutamisega. Sel juhul võib kasutada mitmemõõtmelist kujundite eristamise meetodit või võib biomarkerite väärtusi kohandada ühismuutujate mitmest regressiooni (enne tiheduse määramist). CART meetodit (Classification And Regression Trees; Breiman L, Friedman J. H., Olshen R. A., Stone C. J., Chapman & Hall (Wadsworth, Inc.), New York, 1984) võib kasutada biomarkerite korral (töötlemata mõõtmisandmete tasandil) koos kliiniliste ühismuutujatega, mille puhul kasutatakse reaktsiooni määrana kliinilist kasulikkust. Sel juhul otsitakse piirilisi punkte ning leitakse otsuste puu tüüpi funktsioonid, mis hõlmavad prognoosi jaoks ühismuutujaid. CART abil valitud piirilised punktid ja algoritmid on sageli optimaalsele lähedased ning neid võib kombineerida ja ühtlustada kliinilise kasulikkuse erinevate määrade arvessevõtmisega. Ad5: biomarkeri prognostiliste funktsioonide valimine mitmemõõtmelisel tasemel. Kui on olemas mitu kandidaat-biomarkerit, mis säilitavad oma prognostilise võime erinevate ühemõõtmeliste prognostiliste funktsioonide valiku korral, siis võib paremaid tulemusi saada täiendavalt biomarkerite kombinatsioonide abi näiteks mitmemõõtmeliste prognostiliste funktsioonide abil.

5 10 15 20 25 30 30 EE - EP1915460 B1 Biomarkerite kombinatsioone võib hinnata lihtsa Heaviside i funktsioonil põhineva mudeli abil näiteks võttes arvesse biomarkerite väärtuste kahemõõtmelisi korrelatsioonivälju, millel on näidatud optimaalsed piirilised punktid. Seejärel võib biomarkerite kombinatsioone saada erinevate Heaviside i funktsioonide kombineerimisel loogiliste operaatoritega JA ja VÕI abil, et saada parem prognoos. CART meetodit (Classification And Regression Trees) võib kasutada paljude biomarkerite korral (töötlemata mõõtmisandmete tasandil) koos reaktsiooni kujul avaldatud kliinilist kasulikkuse määrana selleks, et saada piirilisi punkte ning otsuste puu tüüpi prognostilisi funktsioone. CART abil valitud piirilised punktid ja algoritmid on sageli optimaalsele lähedased ning neid võib kombineerida ja ühtlustada kliinilise kasulikkuse erinevate määrade arvessevõtmisega. Coxi regressiooni võib kasutada erinevatel tasanditel. Esimene moodus on mitmete biomarkerite kaasamine binaarsel viisil (see tähendab Heaviside i funktsiooni alusel koos mõnede piiriliste punktidega). Järgmiseks variandiks on biomarkerite kasutamine meetrilisel viisil (pärast sobivaid teisendusi) või binaarse ja meetrilise lähenemisviisi samaaegne kasutamine. Saadud mitmemõõtmeline prognostiline funktsioon on punktis 3 kirjeldatus Coxi tüüpi. Mitmemõõtmelisel tõepärasussuhtel põhinevat lähenemisviisi on keeruline realiseerida, kuid see on samuti üheks mitmemõõtmeliste prognostiliste funktsioonide variandiks. Ad6: biomarkeri kliinilisi ühismuutujaid sisaldavate prognostiliste funktsioonide valimine mitmemõõtmelisel tasemel. Kui on olemas mitu olulist kliinilist ühismuutujat, siis võib paremaid tulemusi saada täiendavalt mitmete biomarkerite kombineerimisel mitmete kliiniliste ühismuutujatega. Erinevate prognostiliste funktsioonide valikuid hinnatakse selle alusel, kas nendes on võimalik kaasata kliinilisi ühismuutujaid. Biomarkerite jaoks Heaviside i funktsioonide lihtsate loogiliste kombinatsioonide alusel võib kaasata täiendavaid ühismuutujaid prognostilisse funktsiooni, mis põhineb õppekomplekti abil saadud logistilisel regressioonimudelil.

31 EE - EP1915460 B1 CART meetodit ja kujunenud otsustuste puid saab lihtsalt kasutada koos täiendavate ühismuutujatega, mis kaasavad need prognostilisse algoritmi. 5 Kõikides Cox-tüüpi regressioonil põhinevates prognostilistes mudelites saab kasutada täiendavaid kliinilisi ühismuujaid. Siin on võimalus ühismuutujate mõju hindamiseks koosmõju tasemel, mis tähendab seda, et näiteks erinevate vanusrühmade korral kasutatakse ohustatuse erinevaid suhteid. Mitmemõõtmelisel tõepärasussuhtel põhinev lähenemisviis ei ole otseselt laiendatav täiendavate ühismuutujate kasutamiseks. Näide 1 10 HER2 väikese ekspressioonimääraga metastaatilise rinnavähiga ja pertusumabiga ravitud patsientide vereseerumi fooniväärtuste jaoks määrati HER ligandide ja isoleeritud HER2 (HER2 ECD) sisaldused vastavalt allpool toodud kirjeldusele. Seerumis kasutati biomarkerite määramiseks järgmisi komplekte: Marker Määramine Tarnija HER2-ECD Bayer HER-2/neu ELISA, kat DakoCytomation N.V./S.A., nr: EL501 Interleuvenlaan 12B, B-3001 Heverlee Amfireguliin DuoSet ELISA Development R&D Systems Ltd., 19 Barton System Human Amphiregulin, kat. nr: DY262 Lane, Abingdon OX14 3NB, UK EGF Quantikine human EGF ELISA kit, kat. nr: DEG00 TGF-alfa Quantikine Human TGF-alpha Immunoassay, kat. nr: DTGA00 Protokollid: R&D Systems Ltd., 19 Barton Lane, Abingdon OX14 3NB, UK R&D Systems Ltd., 19 Barton Lane, Abingdon OX14 3NB, UK 15 HER2-ECD HER2-ECD ELISA analüüs tehti vastavalt tootjapoolsetele soovitustele. Amfireguliin - Valmistada ette kõik reaktiivid (mis sisalduvad komplektis); standardlahjendused (mis sisalduvad komplektis) ja proovid.

5 10 15 20 25 30 32 EE - EP1915460 B1 - Valmistada raamina EvenCoat Anti-mouse IgG mikroplaatribad (R&D, kat. nr CP002; ei kuulu komplekti) Raami nimetatakse nüüd ELISA plaadiks. - Määrata nüüd kindlaks süvendite nõutav arv (standardlahjenduste arv + proovide arv). - Määrata kindlaks paigaldusskeem plaadil. - Lisada igasse süvendisse 100 µl püüdurantikeha lahjendust (kuulub komplekti, 1 : 180 PBS-is). - Inkubeerida 1 tund toatemperatuuril. - Kõikide süvendite sisu aspireerida ja pesta, seda protsessi korrata veel kolm korda nii, et pesemist oleks tehtud kokku neli korda. Pesta kõiki süvendeid nii, et need täidetakse 400 µl pesemispuhvriga (ei kuulu komplekti, kasutati 0,05% Tween-20 PBS-is) mitmikdosaatori abil koos järgneva aspireerimisega. Pärast viimast pesemist eemaldada kõik pesemispuhvri jäägid aspireerimisega. Pöörata plaat ümber ja kuivatada puhta paberkäterätiga. - Lisada igasse süvendisse 100 µl standardlahjendust või lahjendatud proovi (vaadake allpool). Vahetada pipeti otsakut pärast iga pipeteerimist. Katta plaat kleeplindiga (kuulub komplekti). - Inkubeerida 2 tundi toatemperatuuril plaatloksutil. Korrata eespool kirjeldatud aspireerimist/pesemist. - Aspireeritud proovidele ja loputuslahustele lisada laboratooriumis kasutatavat desinfitseerimisvahendit. - Lisada igasse süvendisse 100 µl avastamiseks mõeldud antikeha (kuulub komplekti), mida on lahjendatud 1 : 180 reaktiivilahjenduslahusega (ei kuul komplekti, kasutati 1% BSA (Roth; Albumin Fraction V, kat. nr T844.2) PBS-is). - Inkubeerida 2 tundi toatemperatuuril. - Korrata eespool kirjeldatud aspireerimist/pesemist. - Lisada igasse süvendisse 100 µl tööks kasutatavat streptavidiin-hrp lahjendust (kuulub komplekti, lahjendus 1 : 200 reaktiivi lahjenduslahusega). Katta uue kleepribaga. - Inkubeerida 20 min toatemperatuuril. - Korrata eespool kirjeldatud aspireerimist/pesemist. - Lisada igasse süvendisse 100 µl substraadi lahust (R&D, kat. nr DY999; ei

5 33 EE - EP1915460 B1 kuulu komplekti). - Inkubeerida 20 min toatemperatuuril. Kaitsta valguse eest. - Lisada igasse süvendisse 50 µl stopplahust (1,5 M H 2 SO 4 (puhtaim väävelhape. Merck, kat. nr 173); ei kuulu komplekti). Segada hoolikalt. - Määrata igas süvendis kohe optiline tihedus, kasutada selleks mikroplaatide lugemisseadet lainepikkusel 450 nm. Amfireguliini standardkõver. 10 15 Valmistati amfireguliini varulahus kontsentratsiooniga 40 ng/ml, lahusti 1% BSA PBS-is, sellest võeti alikvoodid ja need säilitati temperatuuril 80 ºC. Amfireguliini lahused, milles lahustiks oli 20% BSA PBS-is, ei püsinud üle 2 nädala ja seetõttu neid ei kasutatud. Amfireguliini varulahuse alikvootide abil koostati enne iga katset amfireguliini standardkõver värskelt valmistatud 20% BSA lahuses PBS-is. Suurim kontsentratsioon oli 1000 pg/ml (amfireguliini varulahuse lahjendus 1 : 40). ELISA komplektis olevate standardite abil saadi lineaarne standardkõver. Kõveraid analüüsiti programmi Excel abil ja iga ELISA katse jaoks määrati kõverale vastav võrrand. Amfireguliini proovid. 20 Kui proove lahjendati 1 : 1 reaktiivi lahjenduslahusega, siis olid tulemused kõikide proovide korral ELISA analüüsi lineaarses piirkonnas. Kõikide proovide korral korrati määramist kaks korda. Olenevalt andmete kvaliteedist ja seerumi piisavast kogusest korrati määramisi vajadusel ka järgmistes katsetes. EGF. 25 30 - Valmistada ette kõik reaktiivid (mis sisalduvad komplektis); standardlahjendused (mis sisalduvad komplektis) ja proovid - Eemaldada raamist liigsed mikrotiiterplaadi antikehaga kaetud ribad (kuuluvad komplekti). Raami nimetatakse nüüd ELISA plaadiks. - Määrata nüüd süvendite nõutav arv (standardlahjenduste arv + proovide arv) x 2. - Määrata kindlaks paigaldusskeem plaadil. - Lisada igasse süvendisse 50 µl analüüsi lahjenduslahust RD1 (kuulub

5 10 15 20 25 34 EE - EP1915460 B1 komplekti). - Lisada igasse süvendisse 200 µl standardlahjendust või lahjendatud proovi (näiteks 1 : 20 kaliibrimiseks kasutatavas lahjenduslahuses RD6H). Vahetada pipeti otsakut pärast iga pipeteerimist. - Katta plaat kleeplindiga (kuulub komplekti). - Inkubeerida 2 tundi toatemperatuuril plaatloksutil. - Kõikide süvendite sisu aspireerida ja pesta, seda protsessi korrata veel kolm korda nii, et pesemist oleks tehtud kokku neli korda. Pesta kõiki süvendeid nii, et need täidetakse 400 µl pesemispuhvriga (kuulub komplekti, kasutades mitmikdosaatorit koos järgneva aspireerimisega. Pärast viimast pesemist eemaldada kõik pesemispuhvri jäägid aspireerimisega. Pöörata plaat ümber ja kuivatada puhta paberkäterätiga. - Aspireeritud proovidele ja loputuslahustele lisada laboratooriumis kasutatavat desinfitseerimisvahendit. - Lisada igasse süvendisse 200 µl konjugaati (kuulub komplekti). Katta uue kleepribaga. - Inkubeerida 2 tundi toatemperatuuril. - Korrata eespool kirjeldatud aspireerimist/pesemist. - Lisada igasse süvendisse 200 µl substraadi lahust (kuulub komplekti). - Inkubeerida 20 min toatemperatuuril. Kaitsta valguse eest. - Lisada igasse süvendisse 50 µl stopplahust (kuulub komplekti). Segada hoolikalt. - Määrata igas süvendis 30 min jooksul optiline tihedus, kasutada selleks mikroplaatide lugemisseadet lainepikkusel 450 nm. EGF-i standardkõver. ELISA komplektis olevate standardite abil saadi lineaarne standardkõver. Ka väga väikeste kontsentratsioonide korral saadi tuvastatavad tulemused. EGF proovid. 30 Kokku tehti proovidega neli analüüsi. Iga proovi korral tehti 2 5 määramist, analüüside arv olenes tulemuste kvaliteedist (keskväärtus ±SD) ning piisava koguse seerumi olemasolust. Kui proove lahjendati 1 : 20 kaliibrimiseks

35 EE - EP1915460 B1 kasutatava lahjenduslahusega RD6H, siis olid tulemused kõikide proovide korral ELISA analüüsi lineaarses piirkonnas. TGF-alfa. 5 10 15 20 25 30 - Valmistada ette kõik reaktiivid (mis sisalduvad komplektis); standardlahjendused (mis sisalduvad komplektis) ja proovid - Eemaldada raamist liigsed mikrotiiterplaadi antikehaga kaetud ribad (kuuluvad komplekti). Raami nimetatakse nüüd ELISA plaadiks. - Määrata nüüd süvendite nõutav arv (standardlahjenduste arv + proovide arv) x 2. - Määrata kindlaks paigaldusskeem plaadil. - Lisada igasse süvendisse 100 µl analüüsi lahjenduslahust RD1VV (kuulub komplekti). - Lisada igasse süvendisse 50 µl standardlahjendust või proovi. Vahetada pipeti otsakut pärast iga pipeteerimist. - Katta plaat kleeplindiga (kuulub komplekti). - Inkubeerida 2 tundi toatemperatuuril loksutusplatvormil. - Kõikide süvendite sisu aspireerida ja pesta, seda protsessi korrata veel kolm korda nii, et pesemist oleks tehtud kokku neli korda. Pesta kõiki süvendeid nii, et need täidetakse 400 µl pesemispuhvriga (kuulub komplekti, kasutades mitmikdosaatorit koos järgneva aspireerimisega. Pärast viimast pesemist eemaldada kõik pesemispuhvri jäägid aspireerimisega. Pöörata plaat ümber ja kuivatada puhta paberkäterätiga. - Aspireeritud proovidele ja loputuslahustele lisada laboratooriumis kasutatavat desinfitseerimisvahendit. - Lisada igasse süvendisse 200 µl TGF-alfa konjugaati (kuulub komplekti). Katta uue kleepribaga. - Inkubeerida 2 tundi toatemperatuuril. - Korrata eespool kirjeldatud aspireerimist/pesemist. - Lisada igasse süvendisse 200 µl substraadi lahust (kuulub komplekti). - Inkubeerida 30 min toatemperatuuril. Kaitsta valguse eest. - Lisada igasse süvendisse 50 µl stopplahust (kuulub komplekti). Segada hoolikalt.

36 EE - EP1915460 B1 - Määrata igas süvendis 30 min jooksul optiline tihedus, kasutada selleks mikroplaatide lugemisseadet lainepikkusel 450 nm. TGF-alfa standardkõver. 5 ELISA komplektis olevate standardite abil saadi lineaarne standardkõver. Ka väga väikeste kontsentratsioonide korral saadi tuvastatavad tulemused. TGF-alfa proovid. Kokku tehti proovidega neli analüüsi. Proovidega viidi läbi 2 4 sõltumatut analüüsi. 10 15 20 25 Seerumi korral saadud andmeid analüüsiti selleks, et teha seerumis kindlaks selliste faktorite foonisisaldus, mis võiksid olla seoses reaktsioonile pertusumabiga ravimisele. Kõikide faktorite korral saadi asümmeetrilist jaotust iseloomustav parameetrite (keskväärtus, standardhälve, mediaan, miinimum, maksimum) kogum. Asümmeetrilisuse vähendamiseks kasutati monotoonset teisendust, mis põhines logaritmimisel log(x + 1). Ühemõõtmelisel analüüsil uuriti, kas faktorite jaoks õnnestub määrata selliseid sobivaid piirilisi punkte, mis oleks seotud reaktsiooni (mis selles näites määratleti kliinilise kasulikkusena) tõenäosusega. Selleks määratleti kliinilise kasulikkusega patsiendid sellistena, kelle korral ilmnes osaline reaktsioon (PR) või kellel püsi haigus stabiilses seisundis vähemalt 6 kuud. Uuriti korrelatsioonivälju teljestikus faktor - reaktsiooni klass. Joonisel fig 1 ja fig 2 on kujutatud vastavalt seerumis TGF-alfa ja amfireguliini logaritmiliselt teisendatud sisalduse ja klassifitseeritud kliinilise kasulikkuse vaheline korrelatsiooniväli. Korrelatsiooniväljade alusel valiti faktorite jaoks piirilised punktid patsientide selliste rühmade määratlemiseks, kelle korral oli kliiniline kasulikkus suurem. Joonistel fig 3 (TGF-alfa), fig 4 (amfireguliin), fig 5 (EGF) ja fig 6 (HER2-ECD) on kujutatud kliinilise kasulikkuse ja faktorite erinevate rühmade vaheline seos, mis põhineb eksperimentaalsetel piirilistel punktidel arvutatuna faktorite esialgsete ühikute suhtes. Piirilised punktid eraldavad välja mõned patsiendid, kelle korral kliiniline kasulikkus puudus ning toovad välja reaktsiooni määra suurema kliinilise kasulikkusega rühma jaoks.

Näide 2 37 EE - EP1915460 B1 5 10 Selles näites kasutati näites 1 saadud eksperimentaalseid piirilisi punkte selleks, et hinnata faktorite rühmade ühemõõtmelist mõju kliinilise kasulikkuse erinevatele määradele pertusumabiga ravi korral, alternatiivsete kliiniliste lõpp-punktidena kasutati progresseerumise algusele / surmale vastav ajavahemikku (TTP) ja ajavahemikku kuni surmani (TTD). TTP ja/või TTD korral täheldati olulisi mõjusid TGF-alfa, amfireguliini, EGF ja HER2-ECD puhul hinnangutele Kaplani-Meieri järgi ja logaritmiliste astaktestide korral. Ohustatuse suhet kujutavate Kaplani-Meieri diagrammid on TTP ja TTD jaoks (suurim arv täheldatud sündmusi) joonistel fig 8 ja fig 9 (TGF-alfa), fig 10 ja fig 11 (amfireguliin), fig 12 ja fig 13 (EGF) ning fig 14 ja fig 15 (HER-ECD), millest ilmneb, et nendel faktoritel põhineva rühmitamise mõju avaldub patsientide kliinilistele tulemustele kõige ilmekamalt pertusumabiga ravi korral. Näide 3 15 20 25 30 Selles näites kasutati mitmemõõtmelist lähenemisviisi selleks, et teha kindlaks faktorite sellised kombinatsioonid, mis parandaksid veelgi selliste patsientide identifitseerimist, kes said suuremat kasu ravist pertusumabiga. Toodud on CART (Classification And Regression Trees) lähenemisviisi abil saadud tulemused. CART klassifitseerimist kasutava lähenemisviisi korral oli vajalik määratleda kasulikkusega rühmadena kõik need, mille korral kliinilise kasulikkuse väärtus oli suurem kui 0. Muutujatena kasutati Her2-ECD, TGF-alfa, amfireguliini ja EGF sisaldusi seerumis. Parimaid tulemusi andva kombinatsioonina valiti välja Her2-ECD ja TGF-alfa sisaldus seerumis. Kombinatsiooni suhtes optimeeritud piiriliste punktide korral saadud CART-meetodiga saadud tulemustest määrati seerumis Her2-ECD ja seerumis TGF-alfa sisaldused, mille alusel saadi eeskiri kliinilise kasulikkuse klassifitseerimiseks uuringualuses populatsioonis seerumis Her2-ECD väikese sisalduse ja seerumis TGF-alfa väikese sisalduse kombinatsioon, mis hõlmas uuringualuses populatsioonis 2/2 R ja 2/3 SD > 6 kuud ja jättis välja mõistliku arvu kiirelt progresseeruva haigusega patsiente. Joonisel fig 16 on kujutatud kliinilise kasulikkuse seos TGF-alfa / HER2-ECD kombinatsiooniga rühmitamisega, mis põhineb eksperimentaalsetel piirilistel punktidel. Joonisel fig

5 38 EE - EP1915460 B1 17 on kokkuvõtlikult kujutatud TGF-alfa ja HER2-ECD kombinatsiooni mõju TTP ja TTD väärtustele. Joonisel fig 18 (TTP) ja fig 19 (TTD) kujutatud Kaplani-Meieri hinnangud ja ohustatuse suhted näitavad, et faktorite sellise kombinatsiooni alusel rühmitamisel on pertusumabiga ravitud patsientide korral oluline mõju kliinilistele tulemustele.

39 EE - EP1915460 B1 Patendinõudlus 1. Meetod reaktsiooni prognoosimiseks patsiendi ravimisel HER dimeriseerumise inhibiitoriga, meetod hõlmab järgmisi etappe 5 a) patsiendilt võetud bioloogilises proovis, seejuures on bioloogiline proov vereseerum, ekspressioonimäära hindamine järgmiste valkude puhul - kasvaja kasvufaktori alfa markergeeni poolt kodeeritav markervalk või - markergeenide poolt kodeeritavate markervalkude kombinatsioon. seejuures hõlmab markergeenide poolt kodeeritav markervalkude kombinatsioon markervalke, mida kodeerivad 10 15 20 - kasvaja kasvufaktor alfa ja HER2 markergeen, - kasvaja kasvufaktor alfa ja epidermaalse kasvufaktori markergeen, - amfireguliin ja kasvaja kasvufaktori alfa markergeen, - kasvaja kasvufaktori alfa, epidermaalse kasvufaktori ja HER2 markergeen, - amfireguliin, epidermaalse kasvufaktori ja kasvaja kasvufaktori alfa markergeen, - amfireguliini, kasvaja kasvufaktori alfa ja HER2 markergeen, - epidermaalse kasvufaktori, kasvaja kasvufaktori alfa, ja HER2 markergeen, - amfireguliini, epidermaalse kasvufaktori, kasvaja kasvufaktori alfa ja HER2 markergeen, - ja b) HER dimeriseerumise inhibiitoriga ravi korral patsiendi reaktsiooni ennustamine etapi a) tulemuste hindamise alusel. 25 2. Meetod vastavalt punktile 1, mis erineb selle poolest, et markergeeni või markergeenide poolt kodeeritava markervalgu või markergeenide poolt kodeeritava markervalkude kombinatsiooni määramise etapp a) hõlmab a1) markergeeni poolt kodeeritava markervalgu või markergeenide poolt kodeeritavate markervalkude kombinatsiooni ekspressioonimäära määramist,

40 EE - EP1915460 B1 a2) selle kindlakstegemist, kas etapis a1) määratud ekspressioonimäär on läviväärtusest suurem või väiksem. 3. Meetod vastavalt punktile 2, mis erineb selle poolest, et punktile 2 vastavas meetodi korral enne etappi a1) määratud läviväärtuse jaoks 5 10 15 1) määratakse markergeeni poolt kodeeritava markervalgu või markergeenide poolt kodeeritavate markervalkude kombinatsiooni ekspressioonimäär paljudes bioloogilistes proovides, seejuures on bioloogilisteks proovideks patsientidelt enne HER dimeriseerumise inhibiitoriga ravimist vereseerumid, 2) läviväärtuse määramiseks leitakse Her dimeriseerumise inhibiitoriga ravitud patsientide reaktsiooni ja etapis a1) määratud markergeeni poolt kodeeritava markervalgu või markergeenide poolt kodeeritavate markervalkude kombinatsiooni ekspressioonimäära vaheline korrelatsioon. 4. Meetod vastavalt ükskõik millisele punktile 1 kuni 3, mis erineb selle poolest, et HER dimeriseerumise inhibiitor inhibeerib HER2 dimeriseerumist EGFR-i või HER3-ga. 5. Meetod vastavalt punktile 4, mis erineb selle poolest, et HER dimeriseerumise inhibiitor on antikeha, eelistatavalt antikeha 2C4. 20 25 6. Meetod vastavalt ükskõik millisele punktile 1 kuni 5, mis erineb selle poolest, et patsiendiks on vähihaige patsient, eelistataval rinnavähi, munasarjavähi, kopsuvähi või eesnäärmevähiga patsient. 7. Meetod vastavalt ükskõik millisele punktile 2 kuni 6, mis erineb selle poolest, et markergeeni poolt kodeeritava markervalgu või markeregeenide poolt kodeeritavate markervalkude kombinatsiooni ekspressioonimäär proovis määratakse markervalgu fragmendi või markergeenide poolt kodeeritavate markervalkude kombinatsiooni fragmentide ekspressioonimäära kindlakstegemise teel. 8. Meetod vastavalt ükskõik millisele punktile 2 kuni 7, mis erineb selle poolest, et markervalgu või selle fragmendi või markervalkude või nende fragmentide kombinatsiooni ekspressioonimäär tehakse kindlaks reaktiivi abil, mis

41 EE - EP1915460 B1 seondub spetsiifiliselt markervalgu või selle fragmendiga või markervalkude või nende fragmentide kombinatsiooniga. 9. Meetod vastavalt punktile 8, mis erineb selle poolest, et reaktiiv on valitud rühmast, kuhu kuuluvad antikeha, antikeha fragment või antikeha derivaat. 5 10 10. Meetod vastavalt ükskõik millisele punktile 2 kuni 9, mis erineb selle poolest, et ekspressioonimäär tehakse kindlaks meetodiga, mis on valitud rühmast, kuhu kuuluvad proteoomika, läbivoolutsütomeetria, immunotsütokeemiline analüüs, immunohistokeemiline analüüs, ensüümikaudne immunosorptsioonimeetod, paljukanaline ensüümikaudne immunosorptsioonimeetod ja nende meetodite variatsioonid. 11. Meetod vastavalt ükskõik millisele punktile 7 kuni 10, mis erineb selle poolest, et markervalgu fragmendiks on HEr2 markervalgu ekstratsellulaarne domeen. 15 12. Meetod vastavalt punktile 11, mis erineb selle poolest, et Her2 markervalgu ekstratsellulaarse domeeni molekulmass on ligikaudu 105 000 daltonit. 13. Meetod vastavalt ükskõik millisele punktile 1 kuni 12, mis erineb selle poolest, et amfireguliini markervalgu aminohappeline järjestus on aminohappeline järjestus SEQ ID nr 1, 20 epidermaalse kasvufaktori markervalgu aminohappeline järjestus on aminohappeline järjestus SEQ ID nr 2, kasvaja kasvufaktori alfa markervalgu aminohappeline järjestus on aminohappeline järjestus SEQ ID nr 3, või HER2 markervalgu aminohappeline järjestus on aminohappeline järjestus SEQ ID nr 4. 25 14. Meetod vastavalt ükskõik millisele punktile 2 kuni 13, mis erineb selle poolest, et läviväärtus vereseerumis on - kasvaja kasvufaktori alfa markervalgu jaoks vahemikus 2,0 kuni 5,0

5 42 EE - EP1915460 B1 pg/ml, eelistatavalt 3,5 pg/ml, - epidermaalse kasvufaktori markervalgu jaoks vahemikus 100 kuni 250 pg/ml, eelistatavalt 150 pg/ml, või - amfireguliini markervalgu jaoks vahemikus 6 kuni 15 pg/ml, eelistatavalt 12 pg. 15. Meetod vastavalt ükskõik millisele punktile 11 kuni 13, mis erineb selle poolest, et läviväärtus vereseerumis Her2 markervalgu ekstratsellulaarse domeeni jaoks on vahemikus 12 kuni 22 ng/ml, eelistatavalt 18 ng/ml. 10 16. Kasvaja kasvufaktori alfa markervalguga spetsiifiliselt seonduva antikeha kasutamine patsiendi reaktsiooni ennustamiseks ravi korral antikehaga 2C4.

EP 1 915 460 B1 64

EP 1 915 460 B1 65

EP 1 915 460 B1 66

EP 1 915 460 B1 67

EP 1 915 460 B1 68

EP 1 915 460 B1 69

EP 1 915 460 B1 70

EP 1 915 460 B1 71

EP 1 915 460 B1 72

EP 1 915 460 B1 73

EP 1 915 460 B1 74

EP 1 915 460 B1 75

EP 1 915 460 B1 76

EP 1 915 460 B1 77

EP 1 915 460 B1 78

EP 1 915 460 B1 79

EP 1 915 460 B1 80