за давање сагласности на предлог теме докторске дисертације за кандидата на докторским студијама

Transcription

1 Биолошки факултет Број захтева:33/126-1 Датум: УНИВЕРЗИТЕТ У БЕОГРАДУ ВЕЋУ НАУЧНИХ ОБЛАСТИ ПРИРОДНИХ НАУКА З А Х Т Е В за давање сагласности на предлог теме докторске дисертације за кандидата на докторским студијама Молимо да, сходно члану 47. ст. 5. тач. 3. Статута Универзитета у Београду ("Гласник Универзитета", број 162/11-пречишћени текст, 167/12, 172/13 и 178/14), дате сагласност на предлог теме докторске дисертације: Идентификација, генетички диверзитет и биолошка контрола фитопатогених изолата Pseudomonas syringae pv. aptata са одабраних подручја Србије НАУЧНА ОБЛАСТ: Биолошке науке. ПОДАЦИ О КАНДИДАТУ: 1. Име, име једног родитеља и презиме кандидата: Иван С. Николић 2. Претходно образовање (назив и седиште факултета, студијски програм): Универзитет у Београду Биолошки факултет 3. Година дипломирања: Година уписа на докторске студије: 2012/2013 Универзитет у Београду-Биолошки факултет 5. Назив студијског програма докторских студија: Биологија, модул: Микробиологија.

2 ПОДАЦИ О МЕНТОРУ А: Име и презиме: др Славиша Станковић Звање: редовни професор, Универзитет у Београду-Биолошки факултет Списак радова који квалификују ментора за вођење докторске дисертације: 1. Dimkić, I., Ristivojević, P., Janakiev, T., Berić, T., Trifković, J., Milojković-Opsenica, D, Stanković, S., (2016), Phenolic profiles and antimicrobial activity of various plant resins aspotential botanical sources of Serbian propolis, Industrial Crops and Products, 94, М21а 2. Dimkić, I., Berić, T., Stević, T., Pavlović, S., Šavikin, K., Fira, D., Stanković, S. (2015), Additive and synergistic effects of Bacillus spp. isolates and essential oils on the control of phytopathogenic and saprophytic fungi from medicinal plants and marigold seeds, Biological Control, 87, М21 3. Dimkić, I., Živković, S., Berić, T., Ivanović, Ž., Gavrilović, V., Stanković, S., Fira, D., (2013), Characterization and evaluation of two Bacillus strains, SS-12.6 and SS- 13.1, as potential agents for the control of phytopathogenic bacteria and fungi, Biological Control, 65, М21 4. Gavrilović, V., Ivanović, Ž., Popović, T., Živković, S., Stanković, S., Berić, T., Fira, Đ., (2013), Genetic characterization of pathogenic fluorescent pseudomonads isolated from necrotic cherry and plum buds in Serbia, Genetika, 45 (3), М23 5. Ivanović, Ž., Stanković, S., Živković, S., Gavrilović, V., Kojić, M., Fira, D., (2012), Molecular characterization of Pseudomonas syringae isolates from fruit trees and raspberry in Serbia, Eur. J. Plant. Pathol., 134, М21

3 Б: Име и презиме: др Татјана Поповић Звање: виши научни сарадник, Институт за заштиту биља и животну средину, Београд 1. Ivanović, Ž., Perović, T., Popović, T., Blagojević, J., Trkulja, N., Hrnčić, S. (2017): Characterization of Pseudomonas syringae pv. syringae, Causal Agent of Citrus Blast of Mandarin in Montenegro. Plant Pathology Journal 33(1): М22 2. Balaž, J., Iličić, R., Ognjanov, V., Ivanović Ž., Popović T. (2016): Etiology of Bacterial Canker on Young Sweet Cherry Trees in Serbia. Journal of Plant Pathology, 98 (2): М23 3. Balaž, J., Ivanović, Ž., Davidović, A., Iličić, R., Janse, J., Popović, T. (2016): Characterization of Xanthomonas hortorum pv. pelargonii isolated from geranium in Serbia. Plant Disease, 100, 1: М21 4. Ivanović, Ž., Popović, T., Janse, J., Kojić, M., Stanković, S., Gavrilović, V., Fira, Đ. (2015): Molecular assessment of genetic diversity of Xanthomonas arboricola pv. juglandis strains from Serbia by various DNA fingerprinting techniques. European Journal of Plant Pathology, 141, 1, М21 5. Popović, T., Milovanović, P., Aleksić, G., Gavrilović, V., Starović, M., Vasić, M., Balaž, J. (2012): Application of semi-selective mediums in routine diagnostic testing of Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola on common bean seeds. Scientia Agricola, 69, 4: М22 У случају менторства дисертације на докторским студијама у групацији техничкотехнолошких, природно-математичких и медицинских наука ментор треба да има најмање три рада са SCI, SSCI, AHCI или SCIе листе, као и Math-Net.Ru листе. У случају менторства дисертације на докторским студијама у групацији друштвенохуманистичких наука ментор треба да има најмање три рада са релеватне листе научних часописа (Релевантна листа научних часописа обухвата SCI, SSCI, AHCI и SCIе листе, као и ERIH листу, листу часописа које је Министарство за науку класификовало као М24 и додатну листу часописа, коју ће на предлог Универзитета донети Национални савет за високо образовање. Посебно се вреднују и монографије које Министарство науке класификује као М11, М12, М13, М14, М41, и М51.)

4 Обавештамо вас да је Наставно-научно веће Универзитета у Београду-Биолошког факултета, на седници одржаној год. размотрило предложену тему и закључило да је тема подобна за израду докторске дисертације јер садржи оригиналну идеју и да је од значаја за развој науке, примену њених резултата, односно развој научне мисли уопште. Декан Биолошког факултета Проф. др Жељко Томановић Прилог: 1. Предлог теме докторске дисертације са образложењем. 2. Акт надлежног тела факултета о подобности теме за израду докторске дисертације. 3. Електронска верзија

5 33/ На основу члана 128. Закона о високом образовању и члана 59. став 1. тачка 12. Статута Биолошког факултета Универзитета у Београду, Наставно-научно веће Факултета, на VII редовној седници одржаној године, донело је О Д Л У К У Прихвата се Извештај Комисије за оцену испуњености услова и научне заснованости теме докторске дисертације кандидата: Ивана Николића, дипломирани биолог заштите животне средине, студијски програм Биологија, модул: Микробиологија, под називом: Идентификација, генетички диверзитет и биолошка контрола фитопатогених изолата Pseudomonas syringae pv. aptata са одабраних подручја Србије За менторе се именују: 1. др Славиша Станковић, редовни професор, Универзитет у Београду- Биолошки факултет 2. др Татјана Поповић, виши научни сарадник, Институт за заштиту биља и животну средину, Београд Декан Биолошког факултета Доставити: - Универзитету у Београду, - докторанту, - ментору; - Стручној служби Факултета. Проф. др Жељко Томановић

6 НАСТАВНО НАУЧНОМ ВЕЋУ БИОЛОШКОГ ФАКУЛТЕТА УНИВЕРЗИТЕТА У БЕОГРАДУ На V редовној седници Наставно-научног већа Биолошког факултета Универзитета у Београду одржаној године, одређени смо у Комисију за оцену испуњености услова и научне заснованости теме за израду докторске дисертације Ивана С. Николића, под предложеним насловом: Идентификација, генетички диверзитет и биолошка контрола фитопатогених изолата Pseudomonas syringae pv. aptata са одабраних подручја Србије. На основу поднете документације и увида у досадашњи рад Ивана Николића, Комисија подноси Наставно-научном већу следећи: A.Биографија: Општи подаци: И З В Е Ш Т А Ј Име, средње слово и презиме: Иван С. Николић Датум и место рођења: , Чачак, Србија Образовање: Дипломирани биолог заштите животне средине, смер Екологија и заштита животне средине, Биолошки факултет, Универзитет у Београду Запослење: 2014/2015 Истраживач приправник, Биолошки факултет, Универзитет у Београду Истраживач сарадник, Биолошки факултет, Универзитет у Београду Национални пројекти: Молекуларна карактеризација бактерија из родова Bacillus и Pseudomonas као потенцијалних агенаса за биолошку контролу OI Билатерални пројекат Републике Србије и Републике Хрватске Arbutus unedo L. - природни приступ у контроли инфекције мокраћних путева Чланство у научним друштвима: Удружење микробиолога Србије Српско биолошко друштвo 1

7 Б. Библиографија: Радови у часописима међународног значаја 1. Stojšin, V., Balaž, J., Budakov, D., Stanković, S., Nikolić, I., Ivanović, Ž. And Popović, T., First report of Pseudomonas syringae pv. aptata causing bacterial leaf spot on sugar beet in Serbia. Plant Disease, 99 (2), 281. (M21) Радови у часописима националног значаја 1. Nikolić, I., Ivanović, Ž., Blagojević, J., Živković, S. And Popović, T., Antibacterial activities of somw Bacillus spp. and Trichoderma harzianum against phytopathogenic bacteria. Zaštita bilja, 64(4), 286, (M52) 2. Blagojević, J., Oro, V., Nikolić, I., Popović, T., Aleksić, G., Gavriloić, V., Ivanović, Ž., Morfo-fiziološka proučavanja izolata Alternaria spp. poreklom sa celera. Zaštita bilja, 65(1), 287, (M52). 3. Dimkić, I., Stević, T., Berić, T., Nikolić, I., Janakiev, T., Fira, Đ., Stanković S., In vitro antifungalni potencijal Bacillus spp. izolata kao biokontrolnih agenasa. Lekovite sirovine, 35, (M52) Саопштења на страним конгресима штампана у изводу 1. Berić, T., Dimkić, I., Stević, T., Nikolić, I., Janakiev, T., Fira, Dj., Stanković, S., In vitro examination of antagonistic activity and potential synergistic effects of Bacillus sp. lipopeptide extract and essential oils. 9 th Balkan Congress of Microbiology, Thessaloniki, Grecce, Abstract Book, Acta Microbiologica Hellenica, 60(3), 182, P55A 2. Dimkić, I., Berić, T., Stević, T., Šević, D., Ivanović, Ž., Živković, S., Gavrilović, V., Nikolić, I., Janakiev, T., Lozo, J., Stanković, S., Fira, Dj., Bacillus spp. isolates future in plant protection. III Simpozijum Biologa i Ekologa Republike Srpske (SBERS 2015), Banja Luka, Republika Srpska, Zbornik sažetaka, Nikolić, I., Ivanović, Ž., Popović, T., Berić, T., Dimkić, I., Stanković, S., Determination of genetic diversity of Pseudomonas syringae pv. aptata by BOX PCR genomic fingerprinting. III Simpozijum Biologa i Ekologa Republike Srpske (SBERS 2015), Banja Luka, Republika Srpska, Zbornik sažetaka, Dimkić, I., Nikolić, I., Ivanović, Ž., Berić, T., Popović, T., Fira, D., Stanković, S., Protective effect of lipopeptide extracts from Bacillus sp. isolates on leaves of Arabidopsis and sugar beet infected with bacterial pathogen in planta. XVIII International Plant Protection Congress, Berlin, Germany, e-abstracts Book, P N-CCO 45, Nikolić, I., Kojić, M., Popović, T., Ivanović, Ž., Stojšin, V., Dimkić, I., Berić, T., Fira, D., Stanković, S., Genetic diversity of Pseudomonas syringae pv. aptata in Serbia determined by pulsed-field gel electrophoresis. XVIII International Plant Protection Congress, Berlin, Germany, e-abstracts Book, P DMD 11,

8 Саопштења на домаћим конгресима штампана у целини: 1. Marisavljević, D., Pavlović, D., Marinković, R., Mitrović, P., Trkulja, N., Ivanović, Ž. and Nikolić, I Molecular studies on Orobanche cumana in Serbia. Proccidings of the International Symposium: Curent trends in Plant Protection, September 25 th -28 th, Belgrade, Serbia, Саопштења на домаћим конгресима штампана у изводу: 1. Dimkić, I., Vojnović, S., Pavić, A., Berić, T., Nikolić, I., Stanković, S., Fira, Đ., The growth kinetics of phytopathogenic bacteria in the presence of lipopeptide extracts. 3rd International Symposium on BiologicalControl of Plant Bacterial Diseases, Belgrade, Serbia, e-abstract book, 55. (11-13 April 2016, Izdavač: Beograd: Društvo za zaštitu bilja Srbije, 2016 (Beograd: Megaphone), ISBN ). В.Тема докторске дисертације: Наслов дисертације: Идентификација, генетички диверзитет и биолошка контрола фитопатогених изолата Pseudomonas syringae pv. aptata са одабраних подручја Србије Полазне основе: Фитопатогени микроорганизми представљају једну од главних претњи за производњу пољопривредних усева, највећим делом због недостатка одговарајућих природних или хемијских средстава за њихово сузбијање. Фитопатогена бактерија Pseudomonas syringae представља coj који је често у интеракцији са биљкама и може се наћи као безопасан коменсал на површини листа, али и значајан патоген биљних и пољопривредних култура. Ова бактерија има екстремно велики опсег домаћина и у складу са тим узрокује велики број различитих симптома болести, као што су бактеријсакa пегавост, различити типови хлорозе и некрозе, бактериозни рак и др. У оквиру врсте P. syringae издвојено је око 60 патогених варијетета, који су одређени на основу биљке домаћина на којима могу проузроковати болест. Познато је да се многи патовари ове бактерије развијају веома добро на великом броју различитих биљних домаћина, али такође, и да између неких патовара не постоји никаква разлика у биохемијским или физиолошким особинама. Са друге стране, филогенетске студије врсте P. syringae показале су да изолати са истом ознаком патовара нису увек блиско повезани. У свеобухватном истраживању, коришћењем ДНК-ДНК хибридизације Pseudomonas syringae комплекса идентификовано је девет генетичких група ( genomospecies ). Четири генетичке групе представљају већину патовара у оквиру самог комплекса, и ови резултати су такође потврђени студијама секвенционирања конзервираних гена. Структура генетичких група омогућава веома важан увид у односе између патовара у оквиру Pseudomonas syringae комплекса. Генетичка група 1 укључује шест патовара и то: P. syringae pv. syringae, P. syringae pv. aptata, P. syringae pv. atrofaciens, P. syringae pv. lapsa, P. syringae pv. papulans и 3

9 P. syringae pv. pisi. Филогенетским анализирањем конзервативних делова генома свих познатих Pseudomonas syringae патовара, Pseudomonas syringae pv. aptata је заузео место у филогенетској групи II. Болест бактеријске пегавости листова узрокована сојем Pseudomonas syringae pv. aptata представља широко распрострањену болест која се јавља на неколико домаћина, као што су шећерна репа, блитва, цвекла, диња и бундева. Овај биљни патоген је детектован у Северној Америци, Европи, Азији, Аустралији и Новом Зеланду. Узевши у обзир да Србија представља једног од највећих произвођача шећерне репе на подручју Југоисточне Европе са хектара обрадивих површина годишње и око 2,8 тона годишњег приноса свакако да појављивање овог патогена на територији Србије би могло да утиче на принос и продукцију шећерне репе. Иако драстично велики губици приноса шећерне репе проузроковани бактеријом P. syringae pv. aptata до сада још нису објављени у литератури, једино је забележен губитак приноса диње (Cucumis melo var. cantalupo Ser.) дведестих година прошлог века у Француској. Овај податак наговештава да P. syringae pv. aptata може изазвати проблеме у гајењу шећерне репе и других потенцијалних домаћина. Предмет докторске дисертације: Предмет истраживања ове доктроске дисертације је карактеризација колекције изолата пореклом са шећерне репе (Beta vulgaris L.), формирана током масовне појаве пегавости листа репе у рано лето године на територији Србије. Биће урађена идентификација, молекуларна карактеризација и утврђивање генетичког диверзитета фитопатогених изолата соја P. syringae pv. aptata. Патогене одлике репрезентативних изолата такође ће бити одређене. На крају, биће тестирана могућност биоконтролног приступа у сузбијању овог патогена, коришћењем установљене колекције антагонистичких сојева из рода Bacillus. Фитопатогена бактерија P. syringae pv. aptata представља један од најмање истражених патовара у оквиру Pseudomonas syringae комплекса. Последњих година све више је објављених извештаја о детекцији овог патогена широм света. Карактеризација P. syringae pv. aptata изолованих у нашим агроеколошким условима допринеће бољем схватању биологије и епидемиологије овог варијетета као и могућности његове контроле. Научни циљ истраживања: Циљ истраживања ове докторске дисертације је идентификација и карактеризација колекције изолата фитопатогеное бактерије P. syringae pv. aptata пореклом са шећерне репе на територији Србије, утврђивање генетичког диверзитета изолата, одређивање спектра потенцијалних домаћина, као и могућности биолошке контроле овог патогена применом сојева из рода Bacillus. Докторска дисертација ће обухватити следеће циљеве: - Изоловање и идентификација фитопатогених сојева P. syringae pv. аptata са заражених листова шећерне репе - Утврђивање патогених особина и разлика у вирулентности изолата P. syringae 4

10 pv. аptata на различитим сортама шећерне репе, вештачком инокулацијом младих биљчица - Молекуларна карактеризација и утврђивање генетичког диверзитета колекције изолата P. syringae pv. aptata - Анализа филогенетских односа између изолата P. syringae pv. aptata у колекцији, као и поређење са сојевима P. syringae чије су секвенце депоноване у јавним базама - Одређивање антибактеријског ефекта биоконтролних сојева Bacillus sp. на одабране изолате P. syringae pv. aptata применом in vitro и in planta тестова - Одређивање спектра потенцијалних домаћина P. syringae pv. aptata Крајњи циљ овог истраживања јесте да се у потпуности окарактеришу изолати P. syringae pv. аptata који до сада нису били описани на територији Републике Србије, да се одреди њихов филогенетски и епидемиолошки статус и да се тестира могућност биолошке контроле овог фитопатогена. Материјал и методе које се користе: Изолација P. syringae pv. aptata вршиће се са оболелих листова шећерне репе код 4 најзаступљеније сорте са комерцијалних засада на територији Србије током године. Идентификација изолата вршиће се применом конвенционалних микробиолошких метода (одређивање морфолошких и биохемијско-физиолошких одлика изолата) и молекуларних метода (PCR детекција уз помоћ специфичних прајмера за идентификацију соја P. syringae pv. aptata). Патогеност бактеријских изолата ће бити тестирана применом стандардне методе прскања младих биљчица коришћењем 4 комерцијалне сорте шећерне репе и праћењем појаве карактеристичних бактериозних пега на листу. Добијени резултати интезитета заразе ће бити статистички обрађени. Молекуларна карактеризација и утврђивање генетичког диверзитета прикупљених изолата ће се вршити коришћењем метода генетичког фингерпринтинга, које укључују умножавање понављајућих палиндромских секвенци уз помоћ полимеразне ланчане реакције (rep-pcr), као и електрофорезу у пулсирајућем пољу (PFGE). Коришћењем методе методе секвенцирања високо конзервираних гена ( Multilocus sequence typing ) утврдиће се филогенетски односи између испитиваних изолата као и поређење са сојевима чије су секвенце депоноване у јавној бази. Одређивање потенцијалних домаћина изолата P. syringae pv. aptata из колекције вршиће се методом фолијарног прскања на великом броју биљака из 8 фамилија, у оквиру којих су бројне житарице, воћарске и повртарске културе. Потенцијални антимикробни ефекат изолата из рода Bacillus и њихових липопептидних екстраката биће урађен на одабраним изолатима P. syringae pv. aptata. Скрининг антимикробне активности in vitro ће бити вршен дифузионом методом. Одређивања минималне инхибиторне и бактерицидне концентрације липопептидних екстраката из биоконтролних сојева Bacillus sp. вршиће се и микродилуционом методом. Биоконтролни 5

11 потенцијал одабраних сојева према одабраним фитопатогеним изолатима тестираће се и у експериментима in plantа, на младим биљкама шећерне репе старости 21 дан, методом фолијарног прскања у условима претретмана (превентивни ефекат) и постретмана (куративно деловање). Најважнији литературни подаци који подржавају тему: 1. Bais, H. P., Fall, R., & Vivanco, J. M. (2004). Biocontrol of Bacillus subtilis against infection of Arabidopsis roots by Pseudomonas syringae is facilitated by biofilm formation and surfactin production. Plant physiology, 134(1), Berge, O., Monteil, C. L., Bartoli, C., Chandeysson, C., Guilbaud, C., Sands, D. C., & Morris, C. E. (2014). A user's guide to a data base of the diversity of Pseudomonas syringae and its application to classifying strains in this phylogenetic complex. PloS one, 9(9), e Hirano, S. S., & Upper, C. D. (1990). Population biology and epidemiology of Pseudomonas syringae. Annual review of phytopathology, 28(1), Lamichhane, J. R., Messéan, A., & Morris, C. E. (2015). Insights into epidemiology and control of diseases of annual plants caused by the Pseudomonas syringae species complex. Journal of general plant pathology, 81(5), Martín Sanz, A., Pérez de la Vega, M., Murillo, J., & Caminero, C. (2012). Genetic, biochemical and pathogenic diversity of Pseudomonas syringae pv. pisi strains. Plant pathology, 61(6), Montesinos, E., & Bonaterra, A. (1996). Dose-response models in biological control of plant pathogens: An empirical verification. Phytopathology, 86(5), Morris, C. E., Glaux, C., Latour, X., Gardan, L., Samson, R., & Pitrat, M. (2000). The relationship of host range, physiology, and genotype to virulence on cantaloupe in Pseudomonas syringae from cantaloupe blight epidemics in France. Phytopathology, 90(6), Morris, C. E., Kinkel, L. L., Xiao, K., Prior, P., & Sands, D. C. (2007). Surprising niche for the plant pathogen Pseudomonas syringae. Infection, Genetics and Evolution, 7(1), Sarkar, S. F., & Guttman, D. S. (2004). Evolution of the core genome of Pseudomonas syringae, a highly clonal, endemic plant pathogen. Applied and Environmental Microbiology, 70(4), Sawada, H., Suzuki, F., Matsuda, I., & Saitou, N. (1999). Phylogenetic analysis of Pseudomonas syringae pathovars suggests the horizontal gene transfer of argk and the evolutionary stability of hrp gene cluster. Journal of Molecular Evolution, 49(5),

12 Г. Закључак и предлог: Размотривши пријаву теме докторске дисертације Ивана С. Николића, студента Академских докторских студија Биологија на модулу Микробиологија, под измењеним насловом: Идентификација, генетички диверзитет и биолошка контрола Pseudomonas syringae pv. aptata са подручја Србије Комисија сматра да су предложена истраживања свеобухватне карактеризације, епидемиологије, генетичког диверзитета и биолошке контроле фитопатогеног соја Pseudomonas syringae pv. aptata, научно заснована, јасно дефинисана и да кандидат испуњава све услове да приступи изради докторске дисертације. За менторe предлажемо др Славишу Станковића, редовног професора Биолошког факултета Универзитета у Београду и др Татјану Поповић, вишег научног сарадника Института за заштиту биља и животну средину у Београду. Београд, Комисија: др Славиша Станковић, редовни професор, Биолошки факултет, Универзитет у Београду др Татјана Поповић, виши научни сарадник, Институт за заштиту биља и животну средину, Београд др Тања Берић, ванредни професор, Биолошки факултет, Универзитет у Београду 7